日本从中央到地方各级政府都设有比较完整的环境保护机构。内阁中设立专职的环境厅，直属首相领导，厅为内阁大臣，总管全国的环境保护事业。环境厅本部设障管管房（即办公室）、计划协调局、自然保护局、大气保护局、水质保护局和环境卫生部。下面按业务范围再设课、室（全厅共有23个课和3个室）。由厅直接管辖的还有九个附属机构。除环境厅外，还有16个省、厅和一个委员会根据各自的主管业务设立管理有关环境的机构。此外，日本工矿企业环境管理机构也比较健全，根据日本政府规定，凡是职工人数在20人以上的工厂，都要配备防治公害的环境专职管理人员。凡是排放烟尘达40000m3/h或废水10000m3/h的大型企业单位，都必须设置主管公害的科（室）和配备管理公害的主任，负责解决企业中的公害防治技术与管理问题。