安徽省气象局履行《中华人民共和国气象法》、《安徽省气象管理条例》和中央机构编制委员会印发的《地方国家气象系统机构改革方案》赋予省级气象主管机构的各项职责，机构规格为正厅级。
省局由局机关和直属事业单位构成，其中局机关内设：办公室（外事办公室）、监测网络处、科技减灾处、计划财务处、人事教育处、政策法规处、监察审计处（与党组纪检组合署办公）7个职能处（室）和机关党委办公室（精神文明建设办公室）、离退休干部办公室；设置在肥直属处级事业单位9个，分别为：安徽省气象台、安徽省气候中心（安徽省气象档案馆）、安徽省气象科学研究所（安徽省农业气象中心、安徽省气象卫星遥感中心）、安徽省大气探测技术保障中心、安徽省防雷中心、安徽省气象科技服务中心（安徽省专业气象台）、安徽省气象培训中心（安徽省信息工程学校）、安徽省气象局后勤服务中心、淮河流域气象中心（淮河流域气象业务服务协调委员会办公室）。
经中国气象局批准，安徽省气象局根据工作需要，在黄山、九华山设置气象管理处作为省局直属派驻外地的气象事业单位。
经地方相关部门批准成立，设置安徽省人工影响天气办公室、安徽省农村综合经济信息中心。