在夏季，尤其是温度高于30℃时，牡丹鹦鹉最易出现肿眼病。有些人不明病因，随便喂消炎药和涂软膏类药物，不但不见好转，反而贻误病情，造成90%以上的鸟死亡。
肿眼病和一般鸟眼发炎、外伤红肿不同，初发现眼病时，鸟体内患病已有10天左右，如果解剖鸟体，体内器官——肝、肠或其他部位已有出血点，发生了霉烂现象。再看眼，眼里含有泪水，身体明显消瘦，乍毛，厌食，还有的鸟出现拉稀现象，粪便形状是中间为绿色的条状，周边为水样。此病由鸟衣原体病毒所致。
鸟衣原体病毒还可导致鸟喘粗气，肺部有湿啰音，性情急躁，伏窝时出现啄羽和咬死小鸟现象。遇到这种情况，马上要将病鸟隔离，对病鸟和其他鸟都要进行消毒。
一般的药对本病没有治疗效果，如眼药水、眼药膏等，不但治不好病，反而起反作用，造成病情加重，眼会进一步肿胀并封起来。封起来后严重者失明，稍轻的眼皮带肉瘤或有白黄色分泌物。以前对其病因已知，但对治疗方法掌握甚少，经过几年研究，北京野生动物保护中心研制出胶囊6号、胶囊7号，对治疗此病效果显著。
凡发现肿眼者，室内、笼具等都要消毒，防止传染。
