一、抗菌药物的选择
选用抗菌药物，首先应明确患者的临床指征。确定引起感染的病原体（最好能进行细菌学诊断和体外药敏试验），选择疗效高、毒性低的抗菌药物治疗。如果尚未确定，常采用联合用药或使用广谱抗菌药物。另外还应考虑抗菌药物的抗菌活性、药动学特点、不良反应及经济性等。
在应用抗菌药物时，应考虑病人的情况，如年龄、体重、遗传、机体的抵抗能力、哺乳、妊娠、肝、肾功能等，对妊娠妇女及哺乳期妇女应严格控制使用致畸药物和影响婴儿生长的药物，如四环素类、氯霉素、琥乙红霉素、依托红霉素、氨基糖苷类、氟喹诺酮类、磺胺类、甲硝唑、替卡西林等。对婴儿和老年人用药，要考虑肝、肾功能尚未发育成熟或已衰退，常造成血药浓度过高，半衰期延长，应避免使用对肝、肾有损害的药物。选择剂量和疗程要适当，剂量过小达不到治疗效果，又易引起细菌耐药；剂量过大，造成浪费，而且可能还会出现严重的不良反应。
抗菌药物的预防性用药也应严格掌握适应证，防止药物滥用。预防性用药仅限于少数情况，如烧伤者、预防败血症、预防新生儿眼炎、流行性疾病流行期预防传播等。抗菌药物主要用于细菌感染引起的疾病，而对各种病毒性感染疗效不佳，如流感没必要使用常规抗菌药物。
二、抗菌药物的联合应用
抗菌药物合用的目的是提高疗效，减少个别药物的剂量，从而减少不良反应，延缓耐药性的产生。对混合感染或不能作细菌学诊断的病例，联合用药可扩大抗菌范围，但使用不当也可产生严重的不良后果，如不良反应发生率增加，耐药菌株更多，故不宜盲目联合用药。
（一）联合用药的适应症
1、病因未明的严重感染，可先依临床经验联合用药治疗，使药物的抗菌谱扩大，待确诊后再调整。
2、单一抗菌药物不能有效控制的严重感染或混合感染，如肠穿孔所致的腹膜炎、细菌性心内膜炎、败血症、中性粒细胞减少者合并铜绿假单胞菌感染等。
3、产期用药，细菌可能产生耐药性者，如结核病、慢性骨髓炎、慢性尿路感染等。
4、联合用药使毒性较大的抗菌药物用量减少，如两性霉素B与氟胞嘧啶合用时可减少前者的应用量，减轻毒性。
5、感染部位药物不易渗入者，如结核性脑膜炎。
（二）联合用药的原则
1、用一种抗感染药可控制的感染，无须联合用药。
2、有明确联合用药指征者，一般限于两药联用，极必要时才三药联用。
3、联合用药中至少有一种对致病菌有明显的抗菌活性，其余的不应有明显的耐药性。
除极少数情况外（如抗结核病时），不宜长期采用固定组分的联合用药，而且尽量缩短联合用药的时间。
