利用某些无毒或毒性很小的染料来显示细胞内某些天然结构，而不影响细胞的生命活动或产生任何物理、化学变化以致引起细胞的死亡。
活体染色分体内活染和体外活染两种。体内活染是将染料直接注射到活的动物体内或加到活的植物培养液中进行染色的方法 ，体外活染是对离体的动、植物活组织或细胞进行的活体染色方式，又称为超体染色。
某些染料能进入活细胞，称为活体染料。这些染料多为碱性性染料，如中性红，詹纳斯绿B、亮焦油紫、次甲基蓝、尼罗蓝等。中性红可以使活细胞的液泡系染色，詹纳斯绿B和亮焦油紫则染线粒体，次甲基蓝可用于染神经组织，尼罗蓝可染原生动物的大核。