简介本片是《神奇宝贝》（又译《宠物小精灵》、《口袋妖怪》）的影院剧场版。也是神奇宝贝EP（第一部）的最后一部剧场版。该片2002年暑期在日本上映。
剧情缩微：
这一次的传说，从图书馆的小偷开始……
以挑战城都联盟为目标持续旅行的小智、小霞和小刚一行人来到了大海中的城市——水都。风和日丽的上午，这里正在举行神奇宝贝水上冲浪比赛，小智和小霞分别用小锯鳄和太阳珊瑚出战。隐身着的拉帝亚斯想帮小智，结果小锯鳄却走错了方向。小霞以微弱优势获得了今年的冠军。
往届都是冠军，而今年却被小霞打败的亚军载着小智等人游览水都，并讲述这个城市的美丽传说。
尾随在小智等人身后，发现了小偷桑兰与莉奥的火箭队，决定先她们一步，成为新的小偷NO.1。
桑兰与莉奥追捕变成人形卡侬的拉帝亚斯，小智英雄救美，拉迪亚斯跑得无影无踪。
小智等人参观博物馆，见到了真正的卡侬，小智上前搭话，结果却被骂了。小智一路追赶卡侬，又遇到了变成人形卡侬的拉帝亚斯，被带入神秘花园。
小智与卡侬和博物馆的爷爷化解误会，了解心之水滴的美丽传说，回去与小霞、小刚汇合。
桑兰与莉奥行动开始！拉帝欧斯为了救妹妹拉帝亚斯被抓住，心之水滴也被抢走。拉帝亚斯变成人形跑去找小智求援，在小霞、小刚面前现出真实面目。
莉奥利用拉帝欧斯与心之水滴的力量开始肆意破坏。
小霞、小刚被突然出现的铁栅栏困住，小智与拉帝亚斯勇往直前，摆脱复活的化石神奇宝贝的追杀，终于救出拉帝欧斯，但此时心之水滴借由古代机器发动的巨大潮水即将摧毁城市。
已是奄奄一息的拉帝欧斯为了保护水都和妹妹用尽力量而牺牲了……
小智等人将心之水滴放回神秘花园的原位。
最后，码头边，卡侬（或者是拉帝亚斯，这里有争议）送给小智一幅画，在小智脸旁一吻告别……
当然还有，桑兰与莉奥在牢中继续研究着她们未来的小偷事业而武藏、小次郎和喵喵则继续着他们未来的跑龙套事业……
新登场的神奇宝贝：拉帝亚斯
日文：ラティアス
英文：Latias
简介：拉帝亚斯是动画《神奇宝贝》2002年剧场版《水都的守护神 拉帝亚斯和拉帝欧斯》里出现的神奇宝贝。《口袋妖怪》游戏中全国编号为380，在丰缘地区登场，剧场版中则换到了城都地区。
外表可爱，性格贪玩的龙系神奇宝贝。可以隐身，还能变身成人形（剧场版中为卡侬）。
拉帝欧斯
日文：ラティオス
英文：Latios
简介：拉帝欧斯是动画《神奇宝贝》2002年剧场版《水都的守护神 拉帝亚斯和拉帝欧斯》里出现的神奇宝贝。《口袋妖怪》游戏中为全国编号381的龙系神奇宝贝，在丰缘地区登场，剧场版中则换到了城都地区。
剧场版中以拉迪亚斯哥哥的身份登场，很爱护妹妹拉迪亚斯，最终为了水都和妹妹牺牲。也是该系列中首次死去的神奇宝贝。