法蒂玛的三个秘密是指圣母玛利亚对葡萄牙法蒂玛的三位牧童，路济亚（Lucia Santos）及她的表弟妹雅琴达（Jacinta Marto）和方济各（Francisco Marto）所告知的三个预言，他们声称在1917年5月至10月间见证了圣母显灵，也就是今日通称的法蒂玛圣母。
据说圣母玛利亚在6月13日将这三个秘密以预言的形式交托给年轻的见证者们，其中第一和第二秘密在1941年路济亚协助她两位堂弟妹封圣所写的一份文件中揭露，第三个则保持秘密，虽然莱里亚主教命令她将之写下再交给教宗，但路济亚希望1960年再揭露，她说这是因为她认为“那时候秘密可更为清楚”。第三秘密后由教宗若望·保禄二世在2000年6月26日对外公布，年迈的路济亚当时也在场。
第一秘密第一秘密是地狱的幻视：
圣母向我们显示了似乎是在地下的广大火海，人类外形的恶魔和灵魂陷在其中，看起来像是燃烧中的透明炭块，全是漆黑色或是如磨过的铜器般的颜色，沉浮在大火中，一下被从体内发出的火焰举入空中，同时产生的还有大量的烟雾，一下以各种角度摔下，像烈火里的火星般没有重量和平衡，痛苦和绝望的尖叫与呻吟声使我们因恐惧而发抖，恶魔的区别在于他们与看似可怕和让人反感的不知名动物相似，全是黑色和透明。此幻象只持续了极短的时间，我们对仁慈圣母的感激恐怕永远无法完整表示，因为她已预先保证将带我们前往天堂，否则我想我们会因恐惧惊骇而死。
第二秘密第二秘密描述第一次世界大战会结束，并据信预言了第二次世界大战的来临若上帝持续被冒犯和俄国未改信。第二部份要求俄国献给无玷之心：
你们已见到罪人们不幸的灵魂所前往的地狱，为了拯救他们，天主希望世界崇拜我的无玷之心，如果我告诉你的事做到了，许多灵魂会被拯救而且会有和平，战争将会结束。但人们若不停止冒犯天主，更糟的一个会在庇护十一世的任内发生。当你见到夜晚被不知名的光所照亮，这就是上帝将因罪恶惩罚世界的重大征兆，方式是战争、饥荒和对教会与教宗的迫害。为了避免此事，我请求俄国对我的无玷之心的奉献，和首星期六的补赎圣餐。若遵从我的要求，俄国将会改信，并且会有和平，若不，她会将她的错误散布到世界，导致战争和对教会的迫害，善人将殉难，教宗将受许多苦难，多个国家会被消灭。最终，我的无玷之心将得胜，教宗会将俄国奉献给我，她已改信，然后世界会获得一段时间的和平。
第二秘密看似同时预测了第二次世界大战和激进、血腥、极端反宗教的苏联意识形态，以及西方民主国家与苏联集团的有限直接冲突和代理战争。不过一些批评者指出此“预言”直至1941年8月，二战已经开始后才发表。但一些支持者也指出对于在1941年的观察家而言，苏联似乎必将败于纳粹德国的大军，也不可能形成它后来在中亚和东欧的霸权。教宗庇护十二世后在1952年7月7日，斯大林的死亡和其后赫鲁雪夫的去斯大林化运动前不久，完成奉献俄国，早东欧剧变将近40年。
第三秘密第三秘密后来“在莱里亚主教阁下和圣母的指令下...”于1944年1月3日写下。莱里亚主教在1943年9月15日访问卧病在床的路济亚，建议她将秘密写下以免死后失传，路济亚对此感到踌躇，不过，终于在10月中，莱里亚主教寄给她一封信直接命令她将秘密纪录下来，路济亚服从了，封印着第三秘密的信封在1944年6月送达莱里亚，然后一直放在此地直到1957年送至罗马。
2000年5月13日，在圣母第一次显灵的83年后，教廷终于宣布此秘密将公诸于世，秘密内容在6月26日发表。
J.M.J.
1917年7月13日法蒂玛蔻伐·达·爱瑞尔牧地（Cova da Iria）显露的秘密的第三部份。
我尊从你，天主，透过莱里亚主教阁下和圣母对我所下的命令，写下此事。
在我之前所述的两部份之后，在圣母的右边稍微上方，我们看见一位天使左手持一把燃烧之剑，其焰看似可以点燃世界，但在接触到圣母右手向他放射的光后即熄灭。以右手指向地，天使大声叫喊：“赎罪、赎罪、赎罪”。然后我们在天主的无边之光内，“就像是人们从镜前经过镜子反射的影像”，看见一位穿着白衣的主教，“我们觉得他是教宗”，和其他主教、神父、男女信徒正攀爬一座险峻之山，山顶有一座像是用带树皮的黄柏粗制的木头大十字架。在抵达前教宗蹒跚经过一座大城市，半成废墟半在战栗，他在痛苦和哀伤的折磨下，为他经过的尸体的灵魂祈祷。到达山顶后，他跪在大十字架下，一群士兵向他射击子弹和箭杀死了他，然后同样的方式主教、神父、男女信徒一个个死去，和形形色色不同阶级和职位的俗人。十字架的双臂下有两位天使手里各执一只水晶圣水杓，他们以此收集殉难者的鲜血洒向前往天主的灵魂。
时为枢机主教的约瑟夫·拉辛格，与秘密同文发表了一篇神学评论，在那里他写道：
“仔细研读所谓的法蒂玛第三秘密后...对此秘密引起的许多关注大概会感到不满和惊讶，没有重大谜团被揭露，也没有公开未来。”
在解释了公众和私人启示的区分后，他呼吁人们别将此讯息看成一个注定的未来事件：
“此幻见的目的并不于显示一场注定不可更改的未来的影片，它的含意刚好相反，它的目的在于动员往正确方向改变之力量，因此我们应完全不重视宿命论对此秘密的解释，例如称1981年5月13日对教宗的暗杀仅是上帝引导的神圣计划下的手段，因而并非自愿行为，或其他这类流传的看法。”
他然后开始解释这些画面象征的本质：
“秘密最后使用路济亚可能在一些宗教书籍看过的画面，这些书籍画面的灵感直觉来自于长期信仰。”
关于于讯息的含意：
“ “当我们将自己投射到“秘密”的文字间时剩下的内容已明白可见，训诫祈祷者们“灵魂救赎”之路和，又，呼吁忏悔与改信。” ”
