杭州师范大学临床医学院前身是浙江医科大学杭州分校临床医学系，1979年建立，1993年更名为杭州医学高等专科学校临床医学部，2001年更名为杭州师范大学医学院临床医学系，2004年杭州师范大学成立临床医学院，附属医院（杭州市第二人民医院）更名为杭州师范大学附属医院。现任院长为浙江省人大常委、杭州市政协副主席、全国五一奖章获得者、博士生导师吴正虎教授、主任医师。
学院由教学编制97人，医院编制690人，其中教授/主任医师36人，副高以上职称108人。设有杭州市心血管研究所、杭州市放射免疫检测中心（杭州市重点专科建设项目）。有哮喘研究所、肾病血液透析研究中心等12个研究所室，有34个临床科室和13个医技科室。学院每年招收临床（五年制本科）、口腔医学（五年本科），现有在校全日制学生1400人，成人教育学生3000余人，是杭州师范大学最大的二级学院之一。
学院拥有一所三级乙等综合性附属医院（杭州市第二人民医院），500张床位，占地面积54000平米，建筑面积50000平米，拥有先进的医疗仪器，目前，60000平方米的新综合大楼即将动工兴建，该项目建成之后，医院将成为一所现代化、智能化的大型综合性医院。学院同时还有5所非直属附属医院、28所教学医院、15所实习医院。
学院紧紧结合社会发展对医学人才提出的新要求，积极探索“宽口径、厚基础、多方向、主辅修”的医学教育改革新模式。进一步拓宽医学专业口径，加强医学专业素质和人文素质教育，设计和开辟多个新专业方向供学生辅修，学生在主修专业的基础上通过辅修其他专业以扩大知识面，提高专业操作技能，培养社会急需的新型应用型人才，提高毕业生的就业能力。
根据杭州师范大学“三步走”战略，临床医学院已基本形成本科教学为主、专科教学为辅、积极发展研究生教育、大力发展成人教育和远程教育的高等医学教育格局，力争在2010年把杭州师范大学临床医学院办成适应社会需求、具有明显专业特色的省内一流、国内有影响、有特色的临床医学院。
