非编码DNA
又称非编码序列
英语：non-coding DNA
是指不包含制造蛋白质的指令，或是只能制造出无转译能力RNA的DNA序列。此类DNA在真核生物的基因组中占有大多数。有些非编码DNA可调控编码序列的作用，其他多数的功能则尚未明了，因此也被称为垃圾DNA。
内含子与非编码区属于非编码DNA，但非编码DNA所包含的，原比内含子与非编码区要广，正因为有了非编码DNA，才有了C值矛盾。
近年的证据显示，垃圾DNA可被编码DNA制造出来的蛋白质利用。一项实验发现，植物体内某一段非编码DNA遭受损伤时，会使叶片结构发生显著改变，原因在于某些与叶片结构有关的蛋白质，需要来自内含子的讯息。
此外，有些非编码DNA，可能是一些RNA病毒感染后所遗留下来的痕迹。