安徽医科大学第一附属医院前身为上海东南医学院附属东南医院，创办于1926年。1949年响应党和政府号召，随校内迁至安徽怀远县，1952年再迁至合肥市。经过80多年的发展，医院已成为国家卫生部三级甲等医院，全国卫生系统先进集体，卫生部临床药理基地，安徽省文明标兵单位，是安徽省规模最大的、集医疗、教学、科研、预防、康复、急救为一体的综合性教学医院。
医院目前占地面积224.9亩，总建筑面积28万平方米。现有在职职工2100人，开放病床1890张，设临床科室39个，医技科室19个，临床教研室19个。有皮肤性病学、老年医学、内科学（含8个三级学科）、神经病学4个博士学位授予点和1个临床博士后科研流动站，硕士学位点覆盖所有的临床科室。
医院拥有一批高素质的专家队伍，其中博士生导师16人，副高职称以上专家555人，中级职称人员738人，博士和在读博士120余人，硕士270人，享受国务院和省政府特殊津贴114人，担任省级以上医学学术团体负责人60多人，有4人入选全国"百千万人才工程"，2人被卫生部授予“有突出贡献的中青年专家”，省厅以上跨世纪学术技术带头人、骨干教师107人，位居安徽省医疗机构第一。
医院年门诊量143余万人次，年住院病人6.9万人次，年手术近2.5万台次，年教学工作量约1.7万学时，年接收实习生、进修医生1000余人。
医院学科齐全，重点学科数在安徽省医疗机构中最多，有国家级重点学科1个，安徽省临床医学重点学科7个，安徽省临床医学重点发展学科16个，安徽省临床医学重点扶持学科2个，安徽省教育厅认定的重点学科3个，安徽省教育厅重点扶持学科1个，安医大重点学科和重点扶持学科8个。省级重点实验室1个，省部级共建重点实验室1个。
医院坚持科教兴院战略，学科技术水平不断取得新的突破，受国家卫生部委托建立第一个中国人脑库，填补国内空白；银屑病的遗传学研究处于国际领先水平，盐裂皮肤免疫荧光技术诊断表皮下大疱病，国内领先。同种异体肝脏移植、自体干细胞移植、异体干细胞移植、异体肾脏移植、体外循环、心脏不停跳冠脉搭桥、心脑血管介入治疗、胸腔和腹腔微创手术、辅助生殖技术、断指再植和显微外科等专业技术水平处国内先进水平。在中西医结合治疗大面积烧伤、微粒皮移植、显微输卵管复通手术、眼移角膜移植、人工晶体植入术和眼激光治疗、小儿脑瘫治疗等方面积累了丰富的经验,处省内领先地位。
近四年，医院承担包括中国人银屑病易感基因研究、大别山隔离人群遗传资源调查等国家863计划和973计划、国家自然科学基金、安徽省自然科学基金等科研课题200余项，其中2004、2005年、2006年、2007年共获国家自然科学基金34项；获省部级以上奖项30余项，其中2007年获国家科技进步二等奖1项，教育部自然科学一等奖1项，2005、2006连续两年获中华医学科技一等奖，都填补了安徽省医疗行业获国家级奖项的空白。国家发表论文2137篇，出版专著103部，主办5种国内外公开发行杂志：《肝胆外科杂志》、《临床骨科杂志》、《临床眼科杂志》、《临床护理杂志》、《临床肺科杂志》。医院与美国、荷兰、日本、香港等国家和地区的科学研究机构建立了密切的科研合作关系。
该院在《2007全国医院排名》中内分泌科排名名列第八
