肉鞭动物亚门是原生动物门的一个亚门，包括鞭毛虫纲和肉足虫纲。一般认为原生动物的祖先是一些古老的“植物-动物”性的类群 ，称为古代的植鞭毛虫。经典的分类把原生动物门分为4个纲——鞭毛虫纲、肉足虫纲、孢子虫纲和纤毛虫纲。鉴于许多鞭毛虫的生活史中有变形期，许多肉足虫的生活史中有鞭毛期，有的种类本身就兼有鞭毛和伪足，所以把两大纲合并为肉鞭动物亚门。
鞭毛虫纲(Flagellata) 动物是以鞭毛为运动胞器的原生动物。如眼虫、夜光虫、锥虫、利什曼原虫等。多数种类表膜坚韧，能维持一定体形。以鞭毛运动，鞭毛一到多根，一般自体前端发出。
肉足虫纲结构简单，有较少的细胞器，但许多种类有复杂的“骨骼”结构，均为异养，生活史中出现带鞭毛的配子时期，所以肉足虫纲可能比鞭毛虫纲更进化。肉足虫纲许多动物体形是不固定的，体表有一层很薄的细胞膜，例如生活在池塘、小溪、淤泥表面的裸露的变形虫——大变形虫（Amoeba proteus），虫体可以不停的变换形状，虫体的任何部位可以延伸形成伪足，伪足伸出的方向代表身体临时的前端，由于可以不断地伸出新伪足，所以体形是不固定的，大变形虫的伪足粗短，末端较顿，其中包含有流动的细胞质，这种伪足称为叶型伪足（lobopodium）。在光学显微镜下，虫体可以明显的分成无色透明的外质（ectoplasm）和具有颗粒不透明的内质（endoplasm），内质中含有伸缩泡、食物泡及大小不等的颗粒物质。大变形虫的细胞核呈圆盘形，通常在身体中央的内质中。
