透明文件加解密系统是这样一个系统，它自动地、用指定的加密（解密）算法、用指定的密钥，对指定的文件实行加密和解密操作，从而达到保护文件的目的。
透明的含义是指用户在操作过程中，不改变对文件的访问（打开或关闭）习惯，整个加密（解密）操作过程是自动完成的，用户毋须显式地指明算法、密钥和被操作的文件名。加密中所用到的算法、密钥，是事先设定的、存在系统的环境变量中，而不是在加密（解密）过程中指定的。系统根据“加密策略”自动识别什么文件需要进行加密/解密操作，哪些不需要。
透明文件加解密系统运行于操作系统核心态，接管文件系统，将文件数据以密文形式存储在储存设备(例如磁盘)上,当需要读写该加密文件时，利用指纹识别技术和文件名识别技术,对文件实时进行加解密,使得系统在授权情况下可以透明地,以明文形式读写该加密文件的数据。
可以看出，利用透明文件加解密系统，文件的数据得到安全地加密保护，而不改变用户的行为习惯。而授权的用户又可以直接透明地以明文方式使用文件的数据，实现了安全、便捷的数据解决方案。