多发性肝囊肿相对少见，特别好发于肝门部或接近肝内门静脉主干大分支区域。囊肿内面光滑，壁薄，内容为透明的浆液，组织学所见与单发性肝囊肿类似，很少发生感染或出血等继发性变化。当囊肿内发生出血、凝固、机化类似实质性肿瘤表现时，很容易误诊为肝脏的恶性肿瘤。组织学观察囊肿内壁同样被覆一层低矮圆柱状或立方细胞构成的上皮组织，有基底膜，不伴炎性变化，显微镜下多数可见周边肝实质因囊肿压迫而引起的萎缩性团块状纤维化，几乎看不到增生性变化，少数可以并发腺癌。
多发性肝囊肿常合并有常染色体显性遗传性多囊肾，有人提出毛细胆管或Herring管上皮的遗传性增生是本病的病理基础，因囊肿在婴儿期和小儿期看不到，而到成人之后才出现，故考虑为先天性因素。由于肝门部结缔组织和门静脉大分支区域的囊肿，多数是由胆管周围附属腺的囊状扩张所致，由此可见胆管周围的附属腺实际是这种遗传性疾病的一个组织来源。