上海交通大学市九临床医学院（原上海第二医科大学市九临床医学院）成立于1995年，共有诊断、内、外、妇、儿等15个教研室，承担着上海交通大学医学院临床医学本科、七年制和八年制、口腔医学本科和七年制、上海交通大学医学院继续教育学院临床医学专升本学生的临床理论授课、见习和实习工作。
市九临床医学院和口腔医学院拥有中国工程院院士张涤生教授、邱蔚六教授和戴尅戎教授和我国组织工程学研究“973”项目的首席科学家曹谊林教授。拥有27个教研室，建立了国内一流的口腔仿真模头实训基地。设有博士研究生点12个，硕士研究生点18个，有博导42名，硕导65名。拥有上海市临床整复外科医学中心和上海市临床关节外科医学中心。整复外科学、骨科和血管外科学是国家“211”工程建设的重点学科，整复外科学是上海市教委重点学科，其中组织工程学是上海市“重中之重”学科，并设有上海市整形外科研究所和上海市整形美容医疗质量控制中心。骨科是上海市教委医学领先学科，皮肤科和妇产科是上海市重点学科“粘膜病学”组成单位，眼科、血管外科和麻醉科是院级重点学科。
市九临床医学院按照上海交通大学医学院统一教学计划，重视学生基本理论、基本知识和基本技能的培养，致力于提高教学质量，高级职称教师授课比率超过80%。市九临床医学院十分关心学生的就业情况，临床医学七年制和临床医学本科学生就业率均为100%。
