浙江海洋学院渔业学院海运学院办学历史可以追溯到 1958 年的浙江水产学院，是学校最具海洋特色的二级学院之一。设有海洋渔业科学与技术、水产养殖学、农业资源与环境、航海技术和轮机工程 5个本科专业，轮机工程技术 1 个高职专业。现有全日制学生 1000人，来自全国 18 个省区。专业教师 42人，其中教授 6 人，副教授 17人，具有硕士以上学位的教师 25 人。
学院现设有捕捞学硕士点，主要研究方向有渔具渔法、渔业资源评估与管理和渔业生态环境。
学院下设海洋渔业、资源与环境、水产养殖、航海和轮机五个系，海洋渔业、水产养殖、、航海技术轮机工程四个实验室和渔业科学、航海技术、海洋资源与环境三个研究所。
学院注重教学改革，加强课程建设、专业建设和实验室建设，重视对学生创新能力和实践能力的培养，积极推进素质教育，努力提高人才培养质量 。现有 3 省级门精品课程和 5 门校级重点建设课程， 7个在研教改项目，在校外已建立了 24家教学科研基地。近年来，已有数百名毕业生取得 “ 一等远洋渔业船舶二副 ” 、 “ 一等远洋渔业船舶三管轮 ” 、 “ 渔业四小证 ”“ 熟悉与基本安全 ” 等职业证书。
学院注重学科建设和科学研究。现有捕捞学、渔业资源、水产养殖 3 个重点学科， 2000年以来共发表了论文 300多篇，出版了学术论著 24 部，现承担科研项目 107 项，累计科研经费 1300 多万元，其中许多项目取得成果并得到推广应用，获得了良好的社会效益和经济效益。目前正在积极开展渔具渔法、渔具理论、渔业资源理论、渔业生态环境、水产增养殖技术、水产养殖工程、船舶污染控制技术、船舶动力装置故障诊断等方面的研究。
学院是全国远洋渔业协会围网技术组、浙江省水产学会捕捞专业委员会、浙江省远洋渔业培训中心、浙江海洋学院船员培训中心的挂靠单位。