概述旗山溪又名楠梓仙溪，位于台湾南部，为高屏溪支流，主流河长118公里，流域面积842平方公里，分布于嘉义县东端及高雄县东北半叶的西部。
旗山溪为高屏溪主流 (含荖浓溪) 之外的最大支流，发源于玉山主峰西南坡标高约2,700米处，向西南沿着高雄、嘉义两县交界流，至民生附近转向南南西流入高雄县境，经那玛夏、甲仙、杉林、旗山，至岭口与来自东方之荖浓溪合流后，改称高屏溪。
旗山溪水系主要河川旗山溪：高雄县、屏东县、嘉义县
美浓溪：高雄县旗山镇、美浓镇 – 29公里
武鹿溪：高雄县旗山镇
口隘溪：高雄县旗山镇、内门乡、杉林乡
内寮溪：高雄县杉林乡
枋寮溪：高雄县杉林乡
油矿溪 (班芝埔溪)：高雄县甲仙乡
北势溪：高雄县甲仙乡
角埔溪：高雄县甲仙乡
老人溪 (马郎溪)：高雄县那玛夏乡 (三民乡)
老人北溪
老人南溪
那托尔萨溪：高雄县那玛夏乡
那多罗萨溪：高雄县那玛夏乡
塔罗塔罗曾北溪
塔罗塔罗曾南溪
那次兰溪：高雄县那玛夏乡
达卡奴娃溪 (五权溪、民生溪)：高雄县那玛夏乡
一溪：高雄县那玛夏乡
帖布帖开溪：高雄县那玛夏乡
二溪：高雄县那玛夏乡
三溪：高雄县那玛夏乡
四溪：高雄县那玛夏乡
五溪：高雄县那玛夏乡
六溪：高雄县那玛夏乡
拉库邦溪：高雄县桃源乡
博博犹溪：嘉义县阿里山乡