澎湖海战是清朝为了消灭郑氏王朝所发动的战争，虽然郑军一度击退清军，最后仍然由清军获胜。澎湖被占领后，郑氏王朝已无力抵抗清军，只得投降，结束在台湾历经22年的统治，台湾也因此成为清朝的领土。
战前情势提案进攻
康熙十九年（1680年），郑经和清朝的战争失利，放弃厦门、金门，退往台湾。 福建总督姚启圣打算趁势进攻台湾，但遭福建水师提督万正色反对，加上一些大臣支持万正色的看法，康熙帝也顾虑在西南的吴世璠未解决，决定暂缓进攻。
康熙二十年（1681年），郑氏王朝发生政变，年仅12岁的郑克塽继任延平王，大权实际上为冯锡范、刘国轩掌握，郑氏官员的向心力开始动摇，负责与清朝谈和的傅为霖甚至愿当内应。姚启圣认为是进攻台湾的好时机，但万正色仍反对出兵。姚启圣知道施琅仇视郑氏王朝，必能帮助他击败郑军，便向康熙帝推荐施琅。康熙帝也不满万正色反战的态度，便同意施琅担任水师提督，万正色调任陆师提督。
施姚争权
按照康熙帝的规划，应由姚启圣、万正色、巡抚吴兴祚一起商讨作战，施琅却打算排除姚启圣等人的节制，以便能全权进攻台湾，不过康熙帝只同意吴兴祚负责后勤，仍然命令姚启圣和施琅共同出兵。
康熙二十一年五月初五（1682年6月10日），清军抵达铜山岛，姚启圣和施琅却在出兵的时机产生争执，姚启圣主张利用冬天的北风，施琅主张利用夏天的南风，导致清军无法顺利出兵。 最后康熙帝于十月初六（11月15日）裁定施琅负责前线作战，姚启圣改任后勤作业，才让施琅如愿取得统帅权。 十一月初三（12月1日）施琅率领约21000人，军舰238艘前往兴化平海卫训练军队。
姚启圣军权旁落后，为避免施琅独得战功，转而和郑氏王朝谈判。但是施琅主战意志坚决，且负责谈判的刘国轩不接受剃发易服，谈判因此破裂。 康熙二十二年五月廿三日（1683年6月17日）康熙帝下令施琅尽速进攻，因此爆发六月（阳历7月）的澎湖海战。
郑军动向
永历三十三年（1679年）起，清朝实施迁界令，严重打击郑氏王朝的贸易，粮食补给也出现问题，郑经下令每户人家每个月必须多缴一斗米，将领也必须用自己的俸禄充军，仍没办法解除危机。当时英国商馆就如此看待郑氏王朝： “台湾王之境况甚不安定，不易抵抗满清人，满清人常施恫赫，国王因其财富被消耗，故每日向人民横征暴敛，亦不能使军队满意。是以我国不惟受敌人（清军）之威胁，亦恐军队（郑军）因缺饷而叛变。”
永历三十四年（1680年）郑经退守台湾后，澎湖成为前线要地，防守却很薄弱。直到十月，施琅抵达厦门以及傅为霖为清军内应事情爆发， 刘国轩才前往澎湖强化守备。刘国轩抵达澎湖后，在娘妈宫、风柜尾、四角屿、鸡笼屿筑城； 东莳、西莳、内堑、外堑、西屿头、牛心山设置炮台。同时在海边建造矮墙并配置火铳，阻止清军登陆。
永历三十七年（1683年），刘国轩得知施琅准备进攻，便从台湾本岛调度乡兵到澎湖，并将商船以及私人用船都改为军舰，准备决战。
战争经过康熙二十二年六月十四日（1683年7月8日），施琅从铜山岛出发，姚启圣也拨3000人同施琅出征。十五日（9日）郑军哨船发现清军已到花屿、猫屿一带， 赶紧回报刘国轩，当晚清军在八罩岛过夜。
十六日（10日）施琅进攻娘妈宫，以速度快的鸟船当作先锋。刘国轩让林升、江胜指挥水军；邱辉为先锋，自己在娘妈宫港口督战。当时受风势阻扰，清军不敢前进，只有以蓝理为首的7只舰队突入郑军。
施琅再派出第二波鸟船部队，交战不久后开始涨潮，一些清军船只被海水冲向岸边，郑军趁势将舰队分成两翼包围清军。 施琅见状赶紧突入郑军，想解救被围困的船只，却被林升率军包围。施琅在交战中被火铳射伤右眼，不过没有失明；林升也被大炮打断左腿。林升负伤让郑军失去指挥，施琅借机撤离战场，到西屿附近的海上休息。
施琅于十七日（11日）返回八罩岛，八罩岛地形险恶，船只遇暴风很容易撞上岛边的暗礁，农历六月又是容易发生台风的时节， 施琅却很幸运没碰到台风。刘国轩得知清军在八罩岛休息，亲自进攻却被施琅击退。 施琅趁势于十八日（12日）占领虎井屿、桶盘屿。
二十二日（16日），施琅决定发动总攻击，将舰队分成三路进攻，剩下约80艘当后援部队：
(1) 中路：共有56艘船，分成8队，每队有7艘船。由施琅亲自指挥，作为主力进攻娘妈宫。
(2) 右路：共有50艘船，从东莳攻入鸡笼屿、四角屿，之后会合中央部队夹攻郑军。
(3) 左路：共有50艘船，从内堑攻入牛心湾，让郑军误判清军要在此地登陆。
天亮前，开始刮起台风。辰时（7时—9时）受台风影响，海上吹起西北风，郑军顺着风势进攻，一时处于优势，清将朱天贵被炮击而死。到了中午，台风受到赤道锋面带的影响，海上开始吹起南风，风向转变成对清军有利。施琅命令全军反攻，顺着风势发射各种火器，并且以数船围攻郑军一船，郑军全面崩溃，江胜战死、邱辉自焚。刘国轩眼见大势已去，率领残余部队从吼门退往台湾，澎湖各岛的郑军都向施琅投降。
战后结果施琅战胜后，考虑台湾水道非常险恶，进军困难。施琅决定暂缓进攻，采取攻心战术，让郑氏王朝从内部崩溃。施琅派人医治受伤的投降郑军，并配给他们衣服、粮食，再将士兵送回台湾。还拉拢郑军将领为内应，防守淡水的何佑首先私通施琅，其他将领也跟进。
郑军战败的消息传到台湾，人心开始不安。为了延续政权的生存，有将领提出进攻菲律宾，得到冯锡范的同意。却传出远征军只想抢劫，还打算逃往海外，因此刘国轩阻止此计划。 后来在刘国轩大力主张下，郑克塽于七月十五日（9月5日）向施琅投降， 并于八月十八日（10月8日）剃发易服，正式宣告郑氏王朝的灭亡。
郑克塽投降后，清廷为了是否把台湾并入版图产生争论，不少大臣认为台湾孤悬海上，治理以及防守花费不小，主张弃守。最后施琅以台湾战略地位重要，说服清廷将台湾并入版图。
传说依据《天妃显圣录》记载： 施琅进攻澎湖时，抵达八罩岛，岛上缺乏淡水。清军挖开退潮后的沙地，发现有淡水可供饮用。妈祖还告诉清军“二十一日必得澎湖，七月可得台湾。”和郑军决战的日期，清军将士还看到妈祖现身。施琅认为是妈祖庇佑清军战胜，因此于康熙二十三年（1684年），康熙帝加封妈祖为护国庇民妙灵昭应仁慈天后。
过有学者认为，这些事迹纯属杜撰。
