阻抑蛋白（repressor）是调节基因的产物，与操纵基因的结合可以阻止受调节基因的表达。
当阻抑蛋白与操纵基因结合时，就会阻止RNA聚合酶启动转录，基因的表达就被关闭。在无阻抑蛋白时，RNA聚合酶可以识别受调节基因的启动子，使这种基因得到表达。
1.阻抑蛋白及其靶DNA序列的对称性
阻抑蛋白识别位点的共有特点就是具有对称性。靠近对称轴的一对反向重复序列在阻抑蛋白结合过程中起主要作用。阻抑蛋白的结构也具有对称性。
2.阻抑蛋白结构与功能的关系
乳糖操纵子的阻抑蛋白为两个二聚体结合在一起形成的四聚体结构。四个亚基的螺旋连在一起，维持四聚体结构。
每个二聚体都有两个头段，两个头段在一起结合一个操纵基因序列。这使整个阻抑蛋白能够同时结合操纵基因的两个位点。
完整的四聚体阻抑蛋白能够同时与操纵基因结合，亲和力较不完整的阻抑蛋白高很多。
与诱导物结合可直接引起阻抑蛋白构象发生改变，使两个二聚体的头段不再同时与DNA结合，使多亚基阻抑蛋白失去优势，降低了与操纵基因结合的亲和力。
3.. 阻抑蛋白对RNA聚合酶功能的影响
阻抑蛋白和RNA聚合酶可同时与DNA结合，而且阻抑蛋白与DNA的结合能够增强RNA聚合酶结合DNA的能力，但是结合着的RNA聚合酶不能起始转录。
加入诱导物以后，释放出阻抑蛋白，被关闭的复合物转变为开放的复合物，起始转录。
