全国棉花交易市场由中国政府于1998年决定设立，是不以营利为目的的服务组织。全国棉花交易市场中心市场设在北京，在22个棉花主产区和主销区设立常年交易工作站，作为全国棉花交易市场的分支机构。全国棉花交易市场遵循公开、公平、公正和诚实信用的原则，主要功能是组织交易、发现价格、规避风险和传递信息，为棉花交易双方提供交易结算、实物交收、质量检验、储运、信息、咨询和人才培训等服务。
全国棉花交易市场实行会员制和交易商制。在中华人民共和国境内登记注册、具有独立法人资格的棉花经营企业、纺织企业、棉花进出口企业以及其他具有棉花经营权的企业，均可申请成为全国棉花交易市场会员或交易商。截至2005年5月，全国棉花交易市场会员和交易商超过500家。
1999年10月全国棉花交易市场开始试运行，1999年12月起开始接受委托从事国家储备棉等政策性棉花的竞卖交易，2004年8月起接受国家委托从事国家储备棉的竞买交易。截至2005年5月，累计通过竞卖交易方式抛售国家政策性棉花350多万吨，通过竞买方式实现国家棉花收储近40万吨，为国家实施宏观调控作出积极贡献！
2002年12月，全国棉花交易市场推出商品棉电子撮合交易。截至2005年5月，累计成交340万多吨，办理棉花入库60多万吨，已实现实物交割20多万吨，涉及全国60多家指定交割仓库。与此同时，全国棉花交易市场通过仓单质押方式帮助100多家交易商融资20多亿元。商品棉电子撮合交易以交易规范、交割方便、质量和履约有保障、资金安全、能够规避价格波动风险等特点受到国内涉棉企业的广泛关注和积极参与，国际棉花界也给予高度评价。目前，全国棉花交易市场成交价格已经成为反映中国棉花供求和价格走势的"晴雨表"，并且对国际棉花价格产生着重大影响。一个以互联网技术为基础的覆盖全国的棉花交易网络和交易体系已经基本形成。
在总结现有经验的基础上，交易市场将与有关方面开展合作，促进更多交易商和交易资源入市交易，协助有关银行对贷款棉花实施规范监管，接受全国棉花质量检验体制改革协调指导小组委托，做好质量检验体制改革棉花的入库监管工作。
全国棉花交易市场将在继续完成国家政策性棉花交易的同时，以推进商品棉规范交易为中心，不断加强资金管理、仓库管理和风险管理，将交易市场逐步建成中国规模最大、现代化程度最高的棉花交易中心、信息传播中心和物流配送中心，在此基础上，通过积极吸引国外棉商成为交易商，逐步构建一个国际性的棉花中远期现货电子交易平台，进一步提高交易市场的核心竞争力和影响力，为引导我国棉花生产、流通和消费作出更大贡献。
