南方医科大学药学院是学校移交广东省后新组建的学院，下设化学系、药物化学系、药剂学系、药物分析学系、微生物与生化药学系、药理学系、药物研究所、临床药理研究所、实验中心和抗病毒研究中心。学院现有教师74名，其中67.6%具有博士学位，有教授10名，博士生导师8名，初步形成了一支年轻有为、朝气蓬勃的师资队伍。
学院为博士、硕士和学士三级学位授权点。其中，药理学专业为国家教育部1998年批准为博士学位授权单位并在2007年批准为国家级重点学科。药物化学、药剂学和药理学三个专业为硕士学位授权单位。同时还设有药学本科专业，从2003年开始招收药学本科生。多年来，已经培养出一大批以博士生、硕士生为代表的优秀人才。
学院综合办学条件优良，基本设施齐全，能充分满足教学、科研工作的需要。学院与国内大型医药企业、大型综合医院、药品检验所合作建立了教学实习基地；同时还聘请了国内外大学、科研机构和制药企业的著名学者为学院的客座教授和关键岗位教授，为培养专业素质好、实践技能强、有创新能力的药学综合型人才奠定了良好的基础。
学院的科研工作以新药的基础和应用开发研究为主体，建有广东省新药筛选重点实验室，为高等院校、医药企业提供新药筛选和评价的公共技术平台服务。学院先后承担了国家重点攻关课题、国家“863”和“973”课题、国家“1035” 工程、国家新药基金、国家自然科学基金、广东省团队基金和重点课题以及广州市重点基金等研究课题50余项；获得了一批军队和省部级以上的科技进步奖和国家新药证书；在国际、国家核心期刊上发表了500余篇科研论文，形成了一批具有自主知识产权的科研成果，取得了显著的经济与社会效益。目前，药学院的全体老师本着团结、务实、开拓的人文精神，不断深化教学改革，努力攀登科技高峰，向着国内一流药学院的目标而努力奋进。
