北京市妇女保健所是直属市卫生局的市级医疗保健机构。目前设有围产保健科，妇女病防治科、宣传教育科、女职工保健科、信息调研科、计算机室，行政办公室及亚健康保健中心和妇女健康热线咨询室 。
北京市妇女保健所始建于1963年，创建伊始董必武副主席亲书所名。1993年与北京妇产医院合称为世界卫生组织围产保健研究和培训合作中心。妇女保健所成立以来，认真贯彻以“保健为中心，保健与临床相结合，面向基层，面向群体”的方针，积极推进了北京市的妇女保健工作进程。
北京市妇女保健所从六十年代的普及新法接生，消灭产褥感染和新生儿破伤风，到七十年代建立全市的孕产妇系统保健管理的试点，健全市―县―乡三级妇幼保健网；从八十年代建立围产保健试点，推广高危管理，开展以防癌普查为中心的妇女多发病防治，到九十年代狠抓各级医院的产科质量，推行母亲喂养，创建爱婴医院，全市实现了妇保工作规范化、科学化、系统化管理。北京市妇女保健所以保健管理、技术指导、人员培训、调研监测、质量评估、健康教育，信息反馈及推广相关适宜技术为核心，立足本职，深入基层，开拓创新，使全市妇女健康水平的多项指标达到或超过国内领先水平。先后获国家科技进步奖1项、卫生部科技成果奖3项、市科委科技成果奖9项、卫生局科技成果奖4项。
北京市妇女保健所目前己实现数据资料的计算机化管理，能全面掌握全市妇女健康状况及相关疾病的发病率、死亡率与变化趋势，先后为制定北京市《九五国民经济发展规划》、《妇女发展规划》、 《中华人民共和国母婴保健法》、《妇女权益法》、 《妇幼卫生工作条例》、 《女职工劳动保护规定》等提供了重要的依据和数据。
为了顺应医学模式的转变，1995年8月开通京城首家妇女健康咨询热线后，开设了生殖保健咨询、高级电脑生物反馈治疗、心理多功能测试及医疗美容门诊；2001年亚健康诊疗室成立，在原有诊疗项目的基础上增加了超高倍显微诊断，A―620全自动脑功能诊断治疗等项目：2002年亚健康保健中心在北京市妇幼保健院(朝阳区姚家园路25l号)建立，目前体质亚健康、精神亚健康，高压电子浴等9个项目已开始运转。探索保健新领域，指导运用新技术，科学管理，拓展外延是我们永不懈的努力基点。
