人类已经认识到了宇宙里面的第一层物质——实体性物质，以及质量守恒问题。有质量的物质是质量、能量、信息三者具备，而能量和信息是聚汇或者说蕴藏到了质量当中。
对于宇宙里面的第二层物质——场性物质（或叫仅具有能量的物质）以及能量守恒问题人类也已经有了认识。这第二层物质的基本特征是：质量处于隐伏状态，而以能量和信息为现在状态。爱因斯坦相对论发表之后，尤其是他的质能关系式经过核实验验证之后，过去讲的质量守恒、能量守恒就不确切了。现在有一些同志对这个问题还是没认识。其实爱因斯坦早就说了，科学实验也于1938年就证实了。现在是质量、能量加在一起守恒，单纯质量可以不守恒，单纯能量也可以不守恒。目前，现代科学就认识到这两层物质。
智能功还有关于第三层物质的理论（混元气），第三层物质即质量、能量都处于隐伏状态，以信息为主要存在状态（或者说是一种质、能、信息的混合态）的物质。这种物质，现代科学对它还一无所知。
有人可能要说，这种物质没有能的表现啊？是的，可是它可以转化成能呀。这也就是智能气功科学要进行的混元气转化成声、光、电、磁、热的实验。这个实验成功之后，三层物质理论就可以建立起来了。
这是智能功基本理论的最基本的观点。智能气功的理论不仅仅是一般的气功理论，而且关系到当今自然科学要拓展新领域，关系到人类要建立新文化、促使人类文化向更高级阶段跃迁的大问题。
今天智能气功科学是第一次公开地谈这个问题，而且是首先对学练智能气功的科技工作者来谈的，希望在座的专家教授对这方面能多考虑考虑，从而使证明智能功的基本理论的实验更加规范、更加严格。智能气功科学的目的就是证明智能气功的三层物质理论。
混元气相当于混元能态，其特点是各种物理能均不显现，又和能场态不是同一个概念，它是区别于宇宙中以质量为显在形式的第一类物质——实体性物质和以能量为显在形式的第二类物质——场性物质的第三类物质。如果实验成功，智能气功科学的三层物质理论就能够确立起来。
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