卫所制度是明朝的一种军制。明代自京师达于郡县，皆设立卫、所，外统于都司，内统于五军都督府。也就是说，卫、所分属于各省的都指挥使司，各省的都指挥使司又由中央的五军都督府划片管辖（云南都指挥使司隶属于中央右军都督府）。都指挥使司下辖若干个卫，卫下辖一定数量的千户所和百户所。大抵5600名军人为一卫，1120人为一所，一般每卫设左、右、中、前、后5个千户所；120人为一个百户所，百户所设总旗2个（每总旗辖50人）、小旗10个（每小旗辖10人）。此外，还有一种单独驻扎一个地方，直接归都指挥使司管辖指挥的千户所，叫做守御千户所；还有一种称为“御”（设置数量不多）的军事机构，管2到3个千户所。洪武二十三年（公元1390年）时，全国共有内、外卫547个，所2563个。
卫所军队都有固定的戍所。卫所由朝廷根据各地的防卫、战略需要而设置，或数府一卫，或一府数卫，或一府、一州一个千户所，视各地战略地位之重要与否而定，固定驻屯戍守。从云南来说，明代云南都司所统领的卫所数量，各个时期有所不同，最多时有20卫、3御、18（守御）所，共有133个千户所，卫军约148960人。这些卫所遍布全省各地，指挥和镇抚大都驻在城里。如云南府为都司城，曲靖、临安、楚雄、蒙化为卫城，陆凉、平夷、越州也是卫城，宜良、安宁、易门、杨林、武定、马隆、木密、凤梧为千户所城，通海为御城。其余瀓江、广西（今泸西）等府、州、县的城里亦有卫所兵分驻，负责城防，所谓的“以武卫文”。近城的坝区分千户、百户、总旗、小旗，屯戍垦殖，散为村落。交通沿线也有军户屯田，在驿站冲要之地，设堡军屯田。而哨戍大都在山区，拨军驻守。
附：
都指挥使司、卫指挥使司、千户所、百户所官员称谓及其品级：都指挥使司有都指挥使（正二品）、都指挥同知（从二品），都指挥佥事（正三品），其下属有经历司经历（正六品）、都事（正七品），断事司断事（正六品）、副断事（正七品）、吏目等。都指挥使、都指挥同知、都指挥佥事等高级军官都不世袭，由朝廷从世袭军官中升任或从武举人中任命。卫有指挥使（正三品）、指挥同知（从三品）、指挥佥事（正四品）、卫镇抚（从五品），其下属有经历（从七品）、知事（正八品）、吏目（从九品）、仓大使、副使等。千户所有正千户（正五品）、副千户（从五品）、所镇抚（从六品），其下属为吏目；百户所有百户（正六品）、总旗、小旗。自卫指挥使以下军官则都是世袭的。
