伊犁州新华医院的前身是伊犁州友谊医院的传染科，1979年改建为传染病专科医院，命名为伊犁州新华医院。1985年州、地分设，新华医院划归伊犁地区，改建成地区级综合性医院，更名为伊犁地区人民医院。1995年通过国家二级甲等医院和国家爱婴医院评审。2001年原伊犁地区撤销，医院划归州直属单位，恢复原名伊犁州新华医院。
医院现占地面积32亩，建筑面积28600平方米，其中医疗用房和辅助设施17100平方米，生活用房11500平方米；床位310张；设置科室30个（其中临床科室13个、医技科室5个、职能科室2个）；在职职工560人（其中医疗技术人员451人，行政后勤人员109人）；离退休职工133人；在职人员中高级职称38人，中级职称136人，初级职称299人；本科学历98人，大专学历131人，大专证书42人，中专230人，高中以下59人；少数民族职工315人，占全院职工总数56.25%。2003年固定资产总值4244万元，业务收入达3371.18万元。
医院现有大型医疗设备3000余万元，其中有：全身螺旋CT、9800C型臂数字成像系统、遥控胃肠机、R-500X线摄片机、乳腺钼靶机、心脏（全身）彩色B超、颈颅多普勒超声诊断仪、CR、脑立体定向仪、全自动生化仪、五分类血球分析仪、全自动化学发光免疫分析系统、全自动程序化蛋白电泳仪、尿沉渣仪、血液透析机、体外循环机、血凝分析仪、动态心电图仪、动态血压仪、脑地形图自动分析仪、电子胃镜、肠镜、阴道镜、宫腔镜、腹腔胆道镜等万元以上医疗设备150余台（件）。
脑立体定向治疗高血压脑出血和外伤性脑出血、心血管介入治疗、肿瘤介入治疗、口腔内外科诊疗项目是医院的四大技术特色。医院开展了心内直视手术、射频消融术、人工心脏起搏器安置术、冠状动脉球囊扩张成形术+支架术、动脉血管造影、脑立体定向术（近200例）、人工髋关节置换术、前列腺支架术、食道癌根治术、肺癌根治术、喉癌切除术、甲状腺癌根治术、肾癌根治术、放射介入治疗肝胆肿瘤、白内障切除人工晶体植入术、脊柱骨折AFCF内固定术、下颌骨纤维肉瘤及下颌骨全切肋骨移植术、子宫全切术等新技术项目140余项。
