平戸藩是日本古时领有肥前国北松浦郡和壹岐国的藩。藩厅位于平戸城（今日本的长崎县平戸市），此外平户藩以水军著称，也是倭寇的发源地兼大本营。
简史松浦党盘据相当于现在日本长崎县北部的地方，是平安时代到战国时代以水军著名的武士集团，在经历与中国元朝的文永之役及弘安之役之后开始报复性的侵扰朝鲜沿海，由于根据地在对马岛、壹岐岛、平户岛三岛，所以被朝鲜称为三岛倭寇。
到了南北朝时代，由于松浦家所支持的南朝长期居于下风，经济被势力较强的北朝所压制，本来对朝鲜政治上的报复劫掠，转变成对朝鲜、中国东南沿海的纯粹海盗行为。
南朝被北朝统一以后，进入了室町幕府时代，由于二代幕府将军足利义满向明朝示好以发展勘合贸易，就开始严格取缔海盗行为，松浦党因此专注于贸易的发展。
后来日本国内政治纷乱再起，室町幕府的威信日趋低落，对各大名的控制力大不如前，加上在明朝发生了宁波之乱，松浦党再度铤而走险，重操旧业，但与之前不同的是，松浦党和明朝沿海因各不同原因（有政治、也有经济原因）不满政府的人民合流，开放平户城为一自由港，让各国船队进出，赞助日明间的走私贸易（明朝已实施全面海禁，任何贸易皆属非法），对沿海的劫掠行为等等。
到了战国时代，当时松浦党当主的松浦隆信（道可） 征服了肥前国北部及壱岐国成为了一位大名，特别的是本人有直接参与倭寇行为。其子镇信（法印）在天正15年（1587年）丰臣秀吉九州征伐战后依旧领有北松浦郡与壱岐国。接着庆长5年（1600年）的关原之战时表示中立的态度，因此战后换取了6万3千石领地的安泰，确定了平戸藩的地位，在他任内国际贸易是藩经济的重要来源。
4代镇信（天祥）分了今福领1,500石的领地给其弟信贞。在他治理的期间，寛永18年（1641年）荷兰商馆被强制（幕府之意）从平户城搬到长崎，导致藩的财政发生很大的困难。为了强化藩的内政进行了全面的地籍丈量，以及振兴农、渔、商业，稳固了藩财政的基础。贞享4年（1687年）还改革了家臣的俸给制度，从知行制改成俸禄制。
5代栋再分了1万石领地给其弟昌成立平户新田藩。
最后的藩主：12代诠的时代已是幕末了。第二次长州征伐之后，藩唉的舆论向倒幕倾斜，庆应4年（1868年）戊辰战争后更确定了参与官军方的方向。同时进行军制改革，编成了西式部队，转战奥州。
明治4年（1871年）废藩置县后，平户藩转变成了平户县，后来又合并于长崎县。 明治17年（1884年）松浦家当主诠受封为伯爵正二位勋二等，列席于华族（贵族）。
历代藩主松浦（まつら）家
外様63,200石→61,700石→51,700石→61,700石
〈〉内的是号。
1. 镇信（しげのぶ）〈法印〉〔从四位下、肥前守〕
2. 久信（ひさのぶ）〈泰岳〉〔従五位下、肥前守〕
3. 隆信（たかのぶ）〈宗阳〉〔从五位下、肥前守〕
4. 镇信（しげのぶ）〈天祥〉〔从五位下、肥前守〕分知により61,700石
5. 栋（たかし）〈雄香〉〔从五位下、壱岐守奏者番・寺社奉行〕分知により51,700石
6. 笃信（あつのぶ）〈松英〉〔从五位下、肥前守〕
7. 有信（ありのぶ）〈等覚〉〔从五位下、壱岐守〕
8. 诚信（さねのぶ）〈安靖〉〔从五位下、肥前守〕
9. 清（きよし）〈静山〉〔从五位下、壱岐守〕
10. 熙（ひろむ）〈観中〉〔从五位下、肥前守〕
11. 曜（てらす）〈谛乘〉〔从五位下、壱岐守〕
12. 诠（あきら）〈心月〉〔从五位下、肥前守〕合并支藩成为61,700石
支藩平戸新田藩
历代藩主
松浦（まつら）家
外様10,000石
1. 昌（まさし）〔従五位下、豊后守〕
2. 邑（さとし）〔従五位下、豊后守〕
3. 邻（ちかし）〔従五位下、豊后守〕
4. 到（いたる）〔従五位下、大和守〕
5. 宝（たかし）〔従五位下、大和守〕
6. 矩（ただし）〔従五位下、大和守〕
7. 良（ちかし）〔従五位下、织部正〕
8. 晧（ひかる）〔従五位下、豊后守〕
9. 修（ながし）〔従五位下、左近将监〕
