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国家级示范性综合高中、省重点中学——南通市第三中学创办于1952年，前身为南通市第一初级中学，是解放后市政府建立的第一所中学；1958年增设高中部，更名为南通市第三中学。她坐落于著名的4A级风景区濠河的东畔，学校环境优美，被评为江苏省园林式学校。校园占地84.84亩，现有教学楼、实验楼、图书馆、办公楼、艺术馆、健身房、学生公寓楼等，其建筑总面积32753.71平方米，设施设备固定资产总额近5千万元，藏书 13.8万册。学校现有56个教学班，2750名在籍学生，教职工200余人。学校抓住机遇，趁势而上，开拓进取，与时俱进，经过五十多年的风雨历程，现已发展成为一所独具办学特色的国家级示范性综合高中。
学校恪守“崇德博学”的校训，“勤勉奉献、诚笃进取”已蔚然成风。为国家培养了大批出类拔萃的人才。数万名合格毕业生遍布大江南北、全国各地，以成为各条战线的骨干、标兵。不少优秀人才引人注目，其中有以教育部副部长王湛为代表的省市级领导干部，有以丁兆祥为代表的火箭技术研究员，有高等院校教授、海外学者及留学人员，还有世界冠军胡欣等体育、音乐、美术及表演方面的专业人才。
学校拥有一支师德崇高、技艺精良、结构合理的师资队伍，具有中高级教师职称的达70%，并拥有陆精康等有影响的跨世纪拔尖人才。近几年，学校不断加强师资队伍建设，全面提高教师素质，“青蓝工程”使青年教师迅速成熟，教师的能力得到普遍提高，观摩课在教育界广受好评。
合理的办学模式提高了学校发展的速度，自1992年被定为市综合高中办学模式的第一个试点单位以来，学校不断更新办学理念，不断探索普通高中、职业高中、音体美特长教育等多种办学模式。中澳联合办班，规模逐年扩大，中外教师互相学习、互补长短。综合高中办学经验得到省、市教育行政部门领导的肯定和赞扬，产生了良好的社会效益，综合高中验收结果在全省名列前茅。江苏省“九五”课题《城市高中阶段教育办学模式多样化的研究》已成功结题，江苏省“十五”课题《高等教育大众化后综合高中可持续性发展研究》将学校的教改探索推向深入，在日常的教学实践中，充分挖掘学生潜能，实施高层次素质教育，为学生的终身发展打下了坚实的基础。
教师管理“以师为本”，极大地发挥了教师的积极性和创造性；学生管理“以生为本”，促进了学生素质的全面发展。近几年，几十名教师参加教学比武获省市级一、二等奖，数百名学生在市级以上各类竞赛中获奖，高考升学率连续三年超过90%。学校先后被授予省文明单位、省德育先进学校、省园林式单位、省青少年法制教育先进单位、市模范学校等荣誉称号，连续多年被评为南通市综合治理标兵和市文明单位， 2000年4月被省教委批准为国家级示范高中，同时列为省重点中学。
现与江苏省南通中学联合办学，为南通中学的初中部。朱全中任校长
