北京大学科学研究部是在校长领导下的负责学校理学与应用科学研究的职能部门。科学研究部的主要工作包括学科规划和学科基地建设；重大科研项目的组织协调；科学研究基金和项目的管理；重要国内学术会议及国际学术会议的协调组织；科研成果奖励、专利的申报、管理和统计。
科学研究部的内设机构包括：重大项目办公室、基础研究办公室、基地建设办公室、成果专利办公室和综合办公室。
重大项目办公室（主任：韦宇 副主任：范少锋）
1 、“ 973 ” 、“ 863 ” 、科技支撑计划（原“攻关计划”）等科技部各类专项、发改委项目的策划、组织和协调，管理和统计；
2 、以上各类科研项目经费的管理和统计；
3 、科研管理系统的建立和维护，教育部年度科技统计。
基础研究办公室（主任：蔡晖 副主任：马信职员：周锋）
1、国家自然科学基金、教育部各类项目、北京市及其他省市部委项目的组织、协调和管理；
2、国家自然科学基金、教育部各类项目、北京市及其他各省市部委其它类基金、企事业单位委托项目和经费的管理与统计；
3、科研项目经费管理系统的建立和维护。
基地建设办公室（主任：郑英姿 副主任：何洁）
1 、科研基地的建设和规划，交叉学科机构和校内研究机构等；
成果专利办公室（主任：张铭职员：顾邱岚）
1 、各级、各类科技奖励成果的申报和管理；
2 、科技成果的鉴定；
3 、有关知识产权管理的事务；
4 、各类奖励的统计和发放。
海外项目办公室（职员：张琰、廖日坤、杨凌春）
1 、海外企业、国外政府机构、海外基金会、我国科技部以及相关部门发布的国际科技合作项目的策划、组织和协调，管理和统计；
2 、以上各类科研项目经费的管理和统计；
3 、以上各类科研项目的国际科技合作合同的审核和管理。
综合办公室（主任：王秀华副主任：周锋）
1 、上下公文传递、信访接待，内部事务和离退休人员事务，会议组织等。