曾文溪发源自台湾岛阿里山山脉,向西流经嘉义县、台南县、台南市而由七股乡出海。河流长度138公里,流域面积1212平方公里,源头海拔2440米,主要支流有塔乃库溪、普亚女溪、草兰溪、后堀溪、菜寮溪、官田溪等。曾文溪水力资源丰富,上游有台湾最大的水库曾文水库,在曾文溪的支流上,尚有南化水库及乌山头水库等。由于曾文溪挟带砂石与生物碎屑在出海口沉积,提供了大量养分,因而河口地区孕育了丰富的底栖生物与浮游生物,也吸引了大批水鸟在此处栖息。珍贵鸟类黑面琵鹭即栖息在曾文溪河口北岸,因此设有黑黑面琵鹭生态保护区。