东南军政长官公署（1949年8月15日—1950年3月31日），设于台北介寿馆（今总统府厅舍）。
成立经过1949年6月21日，已下野的国民党总裁蒋中正为检讨过去军事、政治、经济何以失败的总因，作为今后军事与复兴大业之依据，乃于台北召开东南区军事会议， 与会者包括东南区陆海空三军将领与党政各要员，会议以陈诚任主席。该会历时七日，会中一则重要决议，乃正式确立组织“东南军政长官公署”，统一指挥辖区内军事政治，确立台湾为复兴基地，将嵊泗列岛、舟山群岛、福州、厦门及台湾融合成一个攻守整体。设置“东南军政长官公署”一案的落实，则经行政院政务会议于7月18日通过，再经非常委员会追认，8月15日陈诚正式就任该公署长官，林蔚、郭寄峤、罗卓英、郭忏、孙立人、汤恩伯等六人则分任副长官，公署设于台北“介寿馆”，原计划下辖江苏、浙江、福建、台湾四省及海南特别行政区，但海南始终未受东南军政长官公署管辖，改入华南军政长官公署，故最终实际辖有江苏、浙江、福建、台湾四省。
影响东南军政长官公署以及国民党中央非常委员会第二分会（辖东南区）的成立，更强化了台湾省主席陈诚原本享有的东南区党、政、军、财大权。该公署的作用，更反映在大陆撤台军队的整建（为当时台湾省防卫司令孙立人整编）与东南区战事（金门战役与舟山登步岛之役）的指挥上。1949年12月7日行政院迁台搬入“介寿馆”后，公署与行政院不论在角色及功能上日益融合，1950年3月15日，蒋中正总统下令撤废东南军政长官公署，3月31日公署正式完成撤销工作，人员与业务多转移总统府及行政院。
