蓬莱岛杂志案是1984年发生在台湾省的一起案件。此案中陈水扁（后成为台湾地区最高领导人）等人因诽谤罪入狱。这一事件后来成了陈水扁的主要政治资本之一。
蓬莱岛杂志1978年黄信介因美丽岛事件入狱，黄信介的弟弟黄天福结识美丽岛事件的辩护律师之一陈水扁。1981年，陈水扁当选台北市议员。1984年陈水扁担任黄天福创办的《蓬莱岛杂志》社长。
诉讼
1984年6月19日出刊的《蓬莱岛周刊》第2期上有一篇批评东海大学校长梅可望的文章《梅可望当家，东海没可望》，其中谈及东海大学哲学研究所所长、蒋经国的英文秘书冯沪祥的论文《新马克思主义批判》“以翻译代替著作”。冯沪祥状告蓬莱岛杂志诽谤，被称为“七字官司”。
陈水扁后来说冯沪祥告诉是因为1984年10月17日时任国民党文工会主任的宋楚瑜在一次“现阶段加强文化审检措施座谈会”中“鼓励非公职人员当打手，提出告诉。”
陈水扁的辩护律师是苏贞昌。1985年1月，杂志社发行人黄天福、社长陈水扁、总编辑李逸洋初审被判一年徒刑，并赔款二百万元新台币。三人被称为“蓬莱岛三君子”。陈水扁宣布辞去台北市议员职务，拒绝上诉。9月，陈水扁获得党外共同推荐，参加“台南县长选举”。11月“选举”失败，其夫人吴淑珍在投票日后第二天11月18日谢票过程中发生车祸，导致下半身瘫痪。1986年6月“蓬莱岛案”官司改判黄天福、陈水扁、李逸洋三人各八个月徒刑，三人因此入狱服刑。在陈服刑期间，民进党成立，吴淑珍竞选“立委”获胜。1987年2月，陈水扁出狱担任吴淑珍的特别助理。
后续发展此案被一部分人解读为普通诽谤刑事案件，同时被另一部分人解读为文字狱政冶迫害事件。
陈水扁2007年6月22日说“我就是为了蓬莱岛案，我办杂志去批评，所以阿扁就是那时候，没有新闻自由（入狱），我是一个受害者。”
2003年，宋楚瑜指控陈水扁没有资格在美国领取人权奖，因为陈水扁是诽谤他人而入狱，并不是为人权奋斗而入狱。这种说法被支持陈的人士反驳，说宋当年就是前线指挥与执行的加害者之一。
2008年，陈水扁因涉嫌贪渎被羁押，还有报道将该事与蓬莱岛杂志案对比。而冯沪祥认为“蓬莱岛杂志案和美丽岛事件案，完全是两回事，当初他明明是一个单纯的刑事诽谤案，他（陈水扁）却把他扭曲成是政治事件，现在他明明是明显的涉及贪污案，也把他扭曲成政治事件。”
