环境保护许可制度，是指从事有害或可能有害环境的活动之前，必须向有关管理机关提出申请，经审查批准，发给许可证后方可进行该活动的一整套管理措施。
环境保护许可证，从其作用看，可以分为二大类：一是防止环境污染污染许可证，二是保障自然资源合理开发和利用的许可证。
1、防止环境污染许可证，主要有：
①排污许可证：在水污染防治法实施细则和大气污染防治法中做出了规定。
②海洋倾废许可证：在海洋环境保护法第55条第二款、海洋倾废管理条例中做出了规定。
③危险废物收集、储存、处置许可证：在固体废物污染环境防治法中做出了规定。
④废物进口许可证：在固体废物污染环境防治法中做出了规定。
⑤放射性同位素与射线装置的生产、使用、销售许可证：放射性污染防治法中做出了规定。
2、防止环境破坏许可证及其法律来源，主要有：
①林木采伐许可证：森林法
②渔业养殖使用证、捕捞许可证：渔业法
③野生动物特许猎捕证、狩猎证、驯养繁殖许可证：野生动物保护法
④采矿许可证：矿产资源法
⑤水资源开采许可证：水法