内孢霉目（Endomycetales）是子囊菌亚门的1目。包括许多能产生子囊孢子的酵母和一些类似酵母的真菌。无性繁殖是以出芽或裂殖方式形成节孢子，菌丝可有可无；有性生殖是由两个具性细胞作用的细胞以同形或异形接合的方式形成子囊，子囊也可不经过接合而由单细胞孤雌生殖产生。
在自然界中广泛分布，腐生为主，少数寄生。常可从土壤中、植物的花和果上分离得到。
克雷格尔-范·赖（1973）将本目下分4科，
①浆霉科：有大量的菌丝体而没有大量分散的细胞。子囊内有许多孢子，子囊生于菌丝顶端或由配子囊上长出；
②内孢霉科：有大量的菌丝体，也可以有芽孢子和节孢子，没有大量分散的细胞，菌丝间可以经过菌丝网结或是配囊融合等不同方式接合，通常每个子囊内有1～8个孢子；
③酵母科：本目中最大，最重要的1科。没有或只有少量的菌丝体，主要靠分散细胞的芽殖进行繁殖，也有少数是通过裂殖进行繁殖的。两个同形或不同形的细胞之间进行接合，也可孤雌生殖形成子囊。每个子囊内一般有1～4个孢子，子囊孢子有各种形状，但一般不是针形或纺锤形；
④蚀精霉科：子囊孢子针形或纺锤形。基本型有明显的世代交替可形成子囊，有些属的有性世代已退化。菌丝体多核或单核。常寄生在植物上。
本目包括许多有价值的酵母菌，与人类关系密切。常用于制作酶制剂（如辅酶A、辅酶I），生产菌体蛋白（如食用酵母、饲料酵母）以及工业发酵（如甾体转化、氨基酸发酵、食品酿造等）。阿氏多囊霉是生产核黄素的菌种，棉病囊霉既是核黄素的生产菌，又是高等植物的致病菌，能危害棉花、柑橘、番茄、咖啡等的果实。
