巡航导弹潜艇（英文：Guided Missile Submarine，舰船类别代号：SSG/SSGN，N代表核动力）是一种以飞航导弹为主要攻击力量的攻击性潜艇。在冷战东西方阵营中都有飞航导弹潜艇这个潜艇类型，但其作战任务是截然不同的。西方的飞航导弹潜艇主要装备巡航导弹，可以作为二次核打击力量或者战术打击力量的一部分。而苏俄的飞航导弹潜艇则装备反舰导弹，以攻击航母战斗群等水面战舰为主。
美国的巡航导弹潜艇西方一直仅仅发展两个类型——攻击潜艇和弹道导弹潜艇。虽然美国在上世纪50年代末建造了大比目鱼号，但服役没有几年就将其改装成了攻击型潜艇。美国巡航导弹潜艇也是在近几年才出现的。美国海军在近几年将数艘俄亥俄级核潜艇改装成巡航导弹潜艇。这些潜艇仍用垂直发射系统作为巡航导弹的发射平台，并装备了22发战斧巡航导弹，其中两发装备核弹头。剩下的两个发射筒则为特种部队装备特殊装备而用。这些发射筒也可以被用作无人飞行器或遥控潜水装置的发射或装载平台。为潜艇增加观导能力。如果这种俄亥俄级潜艇满载154发弹头的战斧巡航导弹，其火力将相当于一个巡航导弹驱逐舰战斗群或者2艘导弹巡洋舰。俄亥俄号在2006年年初已经改装完毕，下水试航。同期密歇根号和佛罗里达号开始进场改装。而佐治亚号也在早些时候开始了改装。预计在2008年前，美国将拥有4艘以上的俄亥俄级巡航导弹潜艇。
苏俄的巡航导弹潜艇苏俄早在上世纪50年代就开始了巡航导弹的研究，并取得了重大成果。当时苏联的经济无法支撑像美国一样建造大量航母战斗群。以尼米兹级及其战斗群为例，航母要50亿美元，各种护航舰艇的建造费用总和也高达20~50亿，外加舰载机、潜艇等等费用相当高昂。当时苏俄没有经济实力建造同等的航母舰队但却要抗衡美国的航母优势，于是发明了巡航导弹潜艇这一类型，目的是用几艘例如奥斯卡级核潜艇就能足以平衡掉美国1个航母编队（苏俄的巡航导弹潜艇主要装备的是反舰导弹）。同时也剩下数十亿美元。其中J级潜艇是世界上第一级列装部队的巡航导弹潜艇。而现在最著名的巡航导弹潜艇则是俄罗斯海军的阿库拉级。它装备SS-N-19型潜射反舰导弹，并且反潜和隐身能力也较其前辈提高不少。《简氏战舰年鉴》曾评价奥斯卡级：“它不仅能够消灭掉一个航母战斗群，还能顺手把水下的潜艇也消灭掉。”
现役的巡航导弹潜艇俄罗斯
Oscar class 奥斯卡级
美国
Ohio class 俄亥俄级（改装型）
退役的巡航导弹潜艇俄罗斯
Juliet class J级
Echo class E-I级
Papa class P级
Yankee Notch class Y级Notch型（杨基级Notch型）
Charlie class C级
