南京医科大学基础医学院下设14个系、2个教研室、1个国家级实验教学示范中心（基础医学）。现有1个博士后流动站、1个一级学科博士点、10个二级学科博士点, 3个一级学科硕士点、16个二级学科硕士点，1个国家重点学科、1个国家重点培育学科、2个省国家重点学科培育建设点、3个省重点学科，1个部重点实验室、1个省部共建实验室、5个省重点实验室和工程研究中心，拥有一批国内先进水平的科研基地和实验技术平台。
学院现有教职工281人，其中教师185人，管理与技术人员88人。在185名教师中，有教授45人（包括海外特聘教授9人）、副教授31人，博士生导师31人、硕士生导师23人；具有博士学位人员76人（41.1%），具有研究生学历的人员有171人（92.4%）；100多人次获得全国优秀教师、全国优秀教育工作者、“新世纪百千万人才工程”国家级人选、国家有突出贡献中青年专家等荣誉称号。
学院承担全校各学制、各专业、各层次的基础课和专业基础课教学工作，开设了58门课程。围绕创建21世纪基础医学课程教学模式，培养高素质医学人才的教学目标，近5年主持教学改革课题12项; 发表教学论文64篇; 主编、参编教材或多媒体教学课件近100种;拥有国家级精品课程1门，省级精品课程4门，省级精品教材1部。学院设立医学司法鉴定、临床病理学、生物技术和生物医学工程4个专业（方向）并进行招生。学院还承担接受国内外访问学者和培训进修学员的任务，并开设了多种形式的继续教育项目。
近5年来，学院承担国家“十五”攻关、“973”、“863”、国家自然科学基金重点项目等国家及省、部级研究课题195项，获经费5855多万元；在国内外期刊上发表论文1000多篇，其中SCI收录210篇；获省部级以上科技进步奖33项；申报国家发明专利17项。
学院先后和美国、英国、德国、法国、奥地利、加拿大、日本、新加坡、香港等国家和地区高等院校、科研院所建立了长期合作关系，为学院的长期发展创造了良好的外部环境。
