南京医科大学药学院现设有2个学系：药学系与化学系，拟筹建临床药学系；一个综合实验室；5个研究中心，分别为：江苏省基因药物中心、应用药物研究所、药物分析测试中心、脑血管病研究室、医药分子印记技术中心（筹建中）。涵盖了化学、药物化学、药物制剂学、药物分析学、药理学、临床药学、天然药物学等学科，其中药理学科为国家重点学科，药学一级学科为省级重点学科，药物化学和药物分析学为校重点学科。学院具有药学一级学科硕士学位授权资格，其中药理学为博士学位授权点。目前已招收博士、硕士生65名。
学院通过向国内外引进高层次学科带头人和学术骨干，并整合南京医科大学原有的师资力量，目前已形成一支学历层次高、教学经验丰富、科研能力强的师资队伍。学院现有教职员工52人，其中教师34人，实验室技术人员10人，专职行政管理人员8人。教师中正副教授11人，博导2人、硕导10人，具有博士学位者8 人，硕士学位者 24人，硕士以上学历教师占94%，另有兼职正副教授12人。
学院创办以来，不断发展壮大，教学管理不断完善，教育教学质量不断提高，教学实验室设施优良，教学、科研、科技开发和社会服务均取得较大成绩，承担多项国家及省级重大科研项目，主要科研成果在国际知名刊物上发表，在国内外学术界有一定影响，初步形成了研究教学型学院的框架。建院来学院承担省级以上纵向科研项目25项，其中国家自然科学基金项目6项，省级项目18项，863项目1项。在国内外期刊上发表论文100余篇，其中被SCI收录论文40余篇。同时，全院教职员工以自己的知识积极为社会服务，科技服务开发也取得一定成绩。获得新药证书4件。
学院通过对国际药学教育的发展趋势和我国药学教育的现状进行反复论证和分析，开设了临床药学和药学专业，近几年招收各类本科生756人。在课程设置、教材选择、师资配备、教学实践和毕业实习等方面充分发挥南京医科大学原有的优势，强调“人无我有、人有我优”，尤其在生物学、基础医学、临床医学、临床药物治疗学、临床药理学等学科，师资力量雄厚，充分体现我院“服务临床、面向经济建设”的办学宗旨，“从化学模式向生物医学模式转变”的办学模式和“教学与研究相长、学识与能力并进”的办学理念。
学院在近三年发展的总体目标是：逐步突出临床药学品牌，稳定招生规模，促进科学研究和科技开发，继续引进药学高端人才，促进学院的跨越式发展。
