南京医科大学国际教育学院成立于2005年6月。学院现有教职工10人，留学生300余人。学生主要来自印度、尼泊尔、韩国、越南、印度尼西亚、美国、日本、巴基斯坦等国。学院主要招收本科生、硕士研究生、博士研究生，其中临床医学、口腔医学可招收短期进修生，尤其是中医、针灸专业，已接受来自多个国家的短期进修生。
学院积极开展对外交流合作，已先后与西班牙的CTO医学培训中心和澳大利亚昆士兰科技大学等建立了合作关系。为了提高留学生的教学质量，该院已先后选派7名教师赴美国、英国、澳大利亚等国学习。
南京医科大学国际教育学院下设港澳台办公室。南京医科大学港澳台办公室成立于2005年6月，主要负责港澳台侨学生的招生以及日常的管理工作等，办公室现有教职工10人。目前该校已经招收港澳台侨学生约140人，其中台湾省籍学生有92人、澳门、香港地区学生分别为30人、7人。