清同治三年（１８６４年）春，库车渭干河畔修渠开荒的农民，由于冻饿劳累，被清政府小官吏和伯克（小职员）鞭挞而死的人很多。农民托乎提尼牙孜哈里等人被伯克不停鞭挞，他们忍无可忍，拿起小刀和石块，杀死和打死清政府两名官吏和１５名伯克，随即向库车进军。库车城维吾尔族、汉族、回族人民起而响应，６月６日攻克库车城。由于地理和政治的原因，库车起义形成席卷天山南北的农民大起义。他们向西攻下喀什噶尔、叶尔羌、阿克苏、拜城，向东向北一路攻库尔勒、焉耆、吐鲁番、乌鲁木齐、哈密、塔城等城池，并一度与清军对峙于巴里坤城下。但是库车农民认为自己没有身份，不能掌权，曾要求爱玛特郡王出任他们领袖。爱玛特拒绝了起义者的要求，被杀死。随后，起义农民求助于库车的加拉里丁大巴依（大地主）家族，这个家族中的热西丁（伊斯兰教的依马木——管理教徒的神职人员），被推为起义者的领袖，尊号为圣人后裔，伊斯兰胜利者教父，自称热西丁汗和卓。
清同治四年（１８６５年），热西丁西征喀什噶尔受挫，和阿古柏结城下之盟，互不侵犯，并逐渐受阿古柏影响。这年初，他在库车喊出了“伊斯兰的宝剑已经砍到了异教徒的头上”（李泰玉主编《新疆宗教》第１６８页，新疆人民出版社１９９０年版。），并在库车、库尔勒等地疯狂屠杀蒙、汉、藏人民。焉耆地区汉、维、回、藏各族人民团结起来，掀起了驱逐热西丁的队伍的斗争。土尔扈特骑兵队在铁门关、霍拉山、库鲁克山的博斯腾湖畔、阿洪卡山口等地设防，尤勒都斯草原土尔扈特牧民在库车穆尔札山口阻止热西丁的叛军进入草原，防止他们屠杀蒙汉人民。由于清政府分散设防的策略，尤勒都斯草原被攻袭，热西丁的队伍进犯草原达５个月之久，疯狂进行民族仇杀，杀害土尔扈特人民６０００多人。其残暴的行为，激起了各族人民的强烈愤慨，在各族人民打击下，热西丁只好退出尤勒都斯草原。以后热西丁的队伍也仅限于库尔勒和阿克苏一线。一次伟大的农民起义由于被宗教狂热分子所篡夺，走上了宗教仇杀的邪路，从而失去了各族人民的支持而于１８６７年归于失败。
