南京大学建筑学院前身是南京大学建筑研究所，南京大学建筑研究所成立于2000年初。它的研究对象是中国经济高速发展之下的建筑与城市现象，研究框架立足于基础性的建筑与城市理论，并以国际经验以及现代建筑历史为参照。研究最终服务于实际建造中相关问题的解决与突破。建筑研究所经过6年扎实稳步的发展，2006年11月在原有基础上成立了南京大学建筑学院。
南京大学建筑学院以硕士及博士学位的研究生教育为主，着眼于培养具有开拓性视野、批判精神以及解决问题能力的专业人才。
南京大学建筑学院采用教授工作室制度，拥有一批具有国内外高水平院校学历或工作经验的教师。学院十分重视国内外学术交流，留有固定的职位礼聘国内外知名学者进行合作研究并担任兼职教授，开设研究生课程。
南京大学建筑学院现已拥有建筑学一级硕士点，建筑设计及其理论二级学科博士点，建筑与土木工程领域工程硕士点。建筑设计及其理论专业于2000年招收硕士研究生，与2001年开始招收博士研究生；建筑历史与理论专业于2004年开始招收硕士研究生。现有在校硕士研究生119 人，博士生12 人。
