碳素、氮素、无机盐和维生素等是食用菌营养物质。
食用菌最重要的营养来源是碳源。作为碳源，除少数的碳水化合物不能被利用之外，它们能利用自单糖到纤维素等各种复杂的碳水化合物，如：纤维素、葡萄糖、果糖、蔗糖、麦芽糖、半乳糖、糊精、淀粉、半纤维素、木质素、有机酸、某些醇类等。
此外，氮素是食用菌合成蛋白质和核酸必不可少的主要原料。一般说来，食用菌在营养生长及生殖生长阶段，所需要的氮源主要有蛋白质、氨基酸、尿素、氨、铵盐和硝酸盐等。蛋白质必须经蛋白酶分解成氨基酸后才能被吸收；其他小分子氮素化合物菌丝体可直接吸收。
碳和氮的比例也要恰当，一般认为食用菌在营养生长阶段碳氮比（C/N）以20：1为好，而在生殖生长阶段碳氮比 以30：1～40：1为好。
在食用菌的生长发育中还需要一定的无机盐类，如：磷酸二氢钾、硫酸钙、硫酸镁、氯化钠、硫酸锌、氯化锰等。这些无机盐中的金属元素磷、钾、镁为最重要，适宜浓度是每升培养基加100—500毫克，而铁、钴、锰、锌、钼等微量元素，每升培养基只需1／4毫克。这些金属元素在普通水（河水、自来水）中都有，一般培养料不再添加。
食用菌生长发育所需要的各种维生素和生长素，量很微，但必不可少。
食用菌需要的碳、氮等营养成分，除少数菌根菌必须依靠与共生的植物供应外；一般可以从农、林副产品的枝叶和木屑作物秸秆或粪土中得到满足。
近年来，人们栽培食用菌所用原料，广泛采用棉籽壳。 据分析：棉籽壳含粗蛋白73％，粗脂肪3.45％，粗纤维 36.99％，无氮浸出物73.99%。其物理性能良好，能使水分和空气的矛盾得到解决，以满足菌丝生长的要求，棉籽壳的表面密布的一层棉纤维，在合适的水分、空气和温度的条件下首先分解，加之壳内残存的棉籽碎屑，也易分解利用；经过我们的试验，1斤干棉籽壳能产1斤左右的鲜平菇，最高达4斤左右。特别栽培猴头、银耳、朴菇、草菇，具有制作简便，出菇早、产量高的优点。
推荐配方：
■地栽木耳配方 锯沫（或秸秆粉或棉籽壳）：８０斤
糠夫：５斤
豆粉：２斤
菇耳壮：１.4 两
白灰：１斤
■平菇配方
锯沫（或秸秆粉或棉籽壳）：８０斤
菇耳壮：１.4 两
白灰：１斤
