南京农业大学食品科技学院渊源于1921年成立的东南大学农产制造门和1927年创办的中央大学农产制造系、食品工业系，1952年食品工业系与浙江大学农化系、江南大学食品系合并到南京工学院，保留的部分师资并入南京农学院农学系和园艺系。1985年学校在全国农业院校中率先成立了食品科学系，1996年扩系建院，成立了食品科技学院。
学院现下设食品科学与工程、生物工程、食品质量与安全 3个系，2个院级教学实验中心（包括8个基础实验室和3个食品加工中试工厂），食品科学与工程、生物工程和食品质量与安全3个本科专业，拥有1个博士后流动站（食品科学与工程），1个农业部重点开放实验室（农畜产品加工与质量控制），2个博士点（食品科学、生物工程），4个硕士点（食品科学、发酵工程、农产品加工及贮藏工程和粮食、油脂及植物蛋白工程），7个校级研究室，。学院有教职工46名，其中教授11人，副教授14人，博士生导师8人，硕士生导师14人，具有博士、硕士学位的教职工占80%以上。目前在校本科生730多人，研究生190余人。学院承担国家自然科学资金、部省级课题及横向课题研究80多项，荣获国家和部省级科技进步奖10多项，获国家专利5项，有3项成果分别获国际博览会金奖、首届农业博览会金奖和全国轻工博览会金奖，在国际学术刊物上发表论文100余篇（其中80篇被SCI、EI等收录和引用），国内学术刊物上发表论文1000余篇，出版专著11部，教材11部。国家一级学会----中国畜产品加工研究会挂靠学校，设在本院，编辑出版《中国畜产与食品》杂志。学院注重科研成果的开发与转化，先后在江苏、福建、安徽、北京、甘肃、江西等地取得了显著的社会效益和经济效益。
学院注重拓展海内外科技合作关系，曾多次承办大型学术会议，接待美国、日本、加拿大、荷兰、澳大利亚等前来讲学的专家教授 50多人次，派出国外进修、访问、攻读学位的教师40余人次。