南京农业大学植物保护学院的前身是私立金陵大学于1916年设立的植病虫组、昆虫组以及国立中央大学于1921年创建的中国第一个植物病虫害学系。我国植物病理学科的创始人邹秉文、戴芳澜和昆虫学科的创始人邹树文、张巨伯在此开创中国植物保护人才培养及科学研究工作，因此，该院是中国近代植物病理学、昆虫学及植物检疫事业的发祥地。以邹氏兄弟等学科先驱为代表的我国高等农业教育的主要奠基人在主持金大、中大农科期间培养出一批我国植物病理学界泰斗如俞大绂、
陈鸿逵、魏景超、邓叔群、方中达、裘维藩、吴友三、林传光、凌立、王焕如等以及昆虫学界泰斗如吴福桢、邹钟琳、周明、程淦藩、曾省、黄其林、尤子平、祝汝佐、杨惟义、尤其伟、沈其益等；解放前仅金大植病的毕业生即占全国植病工作人员的 46% ，中大的昆虫更盛，因此“国内许多农学院的植物病虫害系或生物系就是以这些师生为班底发展起来的；我国最早一批专业研究机构 --- 江苏昆虫局、浙江昆虫局以及中央农业实验所植物病虫害系亦是以这些师生为骨干组建而成的”；至 1955 年南京农、林学院分址办学前的各个历史时期，陆续有一批名师或应友校邀约或应国家需要而支援兄弟院所开拓植保学科，如俞大绂、陈鸿逵、吴福桢、张景欧、邓叔群、程淦藩、吴友三、仇元、龚坤源、李隆术、屈天祥等 20 余人，所以，该院也是中国现代植物保护学科的主要起源地。 1952年全国院系调整时组建植物保护学系，2000年成立植物保护学院。经过几代人的卓越建设，积淀了严谨厚重、励学敦行的优良院风，传承并保持了在全国同类学科中的领先优势，部分研究领域达到国际领先水平。正以研究型学院建设为契机，以国家重点实验室创建为目标，以高级人才培养为基础，以科学研究为重点，以科技创新为动力，以科技服务为载体，以产学研结合为特色,促进学科融合，培育边缘交叉，伫立学术前沿，紧扣经济脉搏，打造杰出人才，强化社会服务,内强素质，外塑形象。力争在不久的将来，建设具有国际水平的植物病虫害分子生物学实验室、病虫害灾变预警与综合治理实验室、外来生物入侵监测与控制实验室及昆虫活性大分子开发利用工程技术中心，将该院建设成为全国植保领域中举足轻重的科学研究基地、不可或缺的高层次人才培养阵地以及区域性技术依托中心。
南京农业大学植物保护学科是我国创立最早的同类系科，培养了国内最早的植物病虫学多年制本科毕业生：前身是金陵大学于1916年设立的植病组、昆虫组以及中央大学于1921年创建的中国第一个植物病虫害学系。
该院是中国近代植物病理学、昆虫学的发祥地：我国植物病理学的创始人邹秉文、戴芳澜和昆虫学创始人邹树文、张巨伯在此开创植保人才培养及科学研究工作。
该院是中国现代植物保护学科的主要起源地：学院前身培养出一批植物保护学界泰斗，解放前毕业生占全国植物病虫工作人员的近50%。历史上曾经有一批大师支援兄弟院校而成为其植物保护学科的开拓者。
在全国同类学科中具有领先优势，部分研究领域达到国际领先水平：植物病理学和农业昆虫与害虫防治学均为国家重点学科 ；农业部首批重点开放实验室 ---病虫监测与治理重点开放实验室被列为重中之重建设。
全国唯一的农作物病虫测报培训中心以及抗药性监测培训中心均附设于该院国家植保行业中的职业培训中心。
该院师资力量：1名973项目首席科学家，1名国家杰出青年基金获得者；3人入选国家跨世纪人才培养计划， 1人入选教育部高校优秀青年教师教学科研奖励计划。
该院是植保领域中重要的国家级科研基地：主持了科教兴国战略中的所有相关重大科学研究项目，在研总经费约 4000万元，80%来自于国家部委立项，人均科研经费全校第一 。
人才培养：两度主持了学科的面向二十一世纪国家教改项目研究；“植物保护本科人才培养的研究与实践”荣膺植保专业人才培养总体研究方面唯一的国家级优秀教学成果一等奖；植物保护专业为江苏省首批品牌专业。 教学改革影响巨大：教育部颁布的现行植物保护学本科人才培养规范及教学大纲亦由该院主持制订；5门专业核心课程均为省级优秀课程，其统编教材3部主编、1部副主编。
