南京农业大学外国语学院前身是原基础课部外语教研室。1993年成立外语系，开始招收英语专业本科生，1994年开始招收日语专业大专生，1996年开始招收日语专业本科生。1996年外语系并入新成立的人文社会科学学院，并分别成立了英语系、日语系。2002年3月成立外国语学院。学院下设有三个系：英语系，日语系，公共外语系。语种有英语、日语、俄语、德语、法语、拉丁语等。其中英语、日语招收本科生；设有日语语言文学和英语语言文学两个硕士点，分别于2000年、2003年获准招收硕士研究生。学院设有英语语言文化研究所、日本语言文化研究所等科研机构。
外国语学院现有教职工80人，其中教授5人，副教授12人，讲师30名，教师队伍的职称结构、年龄结构和知识结构趋于合理，40岁以下的占85％左右，博士学位获得者1人，2人正在攻读博士学位，取得硕士学位或研究生学历的占30%左右。
外国语学院是全国大专院校外语教学指导委员会常务理事单位、江苏省高校外语教学研究会常务理事单位、全国农业院校外语教学研究会常务理事单位、全国农业院校研究生英语教学研究会理事长单位、江苏省高校日语教学研究会会长单位、中国日语教学研究会常务理事单位，1人为农业部公共课学科组成员。学院同美国、英国、加拿大和日本等国建有良好的学术交流关系。
外国语学院不仅承担培养英语、日语方面的高级专门人才的任务，而且还负责全校的本科生、硕士研究生和博士研究生公共外语教学。学院重视学生语言应用能力的培养，近三年该校学生30多人次在全国和全省的各种英语、日语比赛中获得较好名次。
学院重视外语课程及学科建设，鼓励教师在语言学、应用语言学、翻译理论与实践等人文社会科学领域开展科学研究。近10年，出版学术专著、教材和工具书等50余本；发表学术论文近300篇；目前承担省级以上研究课题6项，获部省级以上奖励8项，获国家级优秀教师称号2人次，获校级教学奖30多人次。
学院大学英语课程连续两年被评为省级优秀课程，2002年底被评为省级二类优秀课程，2004年上半年被评为省级一类优秀课程。
