鞭毛运动是指依靠鞭毛进行的的主动性运动。
一些细菌的鞭毛粗细约为10-35纳米，借助它的运动使细菌获得推动力。一般是许多鞭毛成束地运动，用暗视野照明的显微镜可以观察到。运动类型有螺旋状波动和圆锥状旋转两种，通常伴有菌体的反向旋转。前者运动类型，是通过改变鞭毛的方向来改变前进方向，后者则是通过改变旋转方向来改变前进方向的。关于鞭毛运动的机理，有的认为是由于鞭毛结构蛋白质鞭毛蛋白的排列发生改变造成的，有的则认为是由于鞭毛和菌体在类似轴承的接合部位发生相对旋转引起的
真核细胞的鞭毛粗细约为0.2微米，有平面波动、立体波动（螺旋状运动等）、浆式运动（纤毛摆动）等三大运动类型，有时同一种鞭毛也可以有几种运动类型。例如衣藻（Chlamydomonas）靠2条鞭毛平面游动（即平面波动）前进，而靠立体波动后退。鞭毛运动不仅可使微小个体游动，而且是与摄食、消化、排泄有关的体内外各种流动的原动力，如海绵动物的领细胞、腔肠动物的内皮细胞、轮虫动物的焰细胞、环节动物的有管细胞等都有这种鞭毛运动。真核细胞的鞭毛内部结构与纤毛相同，看来运动机理也基本相同。
