南苑医院隶属于北京市丰台区卫生局，系1957年5月由北京市政府投资筹建的一所正规的区级综合二级医院。医院是北京友谊医院定点协作社区卫生服务中心，下设8个社区服务站。医院占地面积14350平方米。目前医院设有内科、内二科、外科、骨科、肛肠科、妇产科、口腔科、儿科、精神科、眼科、中医科、病理科等28个临床和医技科室。形成了眼病防治中心、精神病防治中心和糖尿病教育基地三大特色医疗。
医院眼病防治中心与同仁医院、北京市眼科研究所、国际防盲指导中心联合，于2001年被确定为丰台区贫困白内障复明术定点医院；2002年国际狮子会“视觉第一，中国行动”白内障复明术定点医院在南苑医院挂牌；眼病防治中心从三级医院引进了栾秀丽主任医师作为学科带头人，开展小切口白内障超声乳化折叠晶体植入术、青光眼—白内障联合手术、视网膜脱离手术、眼底血管荧光造影术、激光眼底治疗术等眼科手术项目。
医院精神病防治中心以心理测试和开展精神病社区防治为主，现有病床80张。采用先进技术，实行精神病人开放式管理、综合治疗及联络精神医学治疗各类精神病。其中心理测试、心理治疗专家门诊深受患者欢迎。是丰台区唯一一所大型精神病防治中心。
北京糖尿病教育基地于2004年12月9日在原城南糖尿病教育基地的基础上成立，基地依托北京市糖尿病防治协会、协和、北医专家为技术力量，由内分泌专家杨凯杰主任医师负责基地全面工作。该基地配有时间分辨荧光分析仪、糖化血红蛋白分析仪、彩色超声多普勒和胰岛素泵等设备，以先进的技术诊治糖尿病及合并症。
几年来，南苑医院为满足患者需求购置大量先进设备，如：用于全身CT扫描的美国1600—C型“CT”机；用于胃及食道疾病诊断的日本富士能W—88A型电子胃镜；用于快速检测血液生化成分的美国全自动生化分析仪及时间分辨荧光分析仪、彩色超声仪、高压氧仓、全能麻醉机、有创呼吸机、肾透析、日本OPCONOMS610型手术显微镜、眼底血管荧光造影仪、眼底激光治疗仪、玻璃体切割仪、美国超声乳化仪、眼科A/B型超声诊断仪、净膜曲率仪、日本TOPCON TRC-50EX眼底照相机、美国科以人公司生产的532nm激光光凝器、同视机等先进仪器设备，部分硬件已达国内先进水平。
近年来，院党委重视创建文明行业，坚持以“精、慈、竞、美”的院带动的促进精神文明建设水平的提高，医院多次被评为市、区卫生系统先进集体，是“首都文明单位”和“首都花园式单位”。
