中国农业大学水利与土木工程学院的前身是1958年10月在原北京农业机械化学院创建的农田水利化系，1984年更名为北京农业机械化学院水利与建筑工程系，1987年更名为北京农业工程大学水利与建筑工程系，1994年撤系建院，成立北京农业工程大学水利与土木工程学院，1995年随着北京农业工程大学与北京农业大学合并为中国农业大学，学院更名为中国农业大学水利与土木工程学院。
学院位于中国农业大学东校区，地处北京市海淀区学院路北口，中关村与奥林匹克公园之间。校园环境优美，交通便利。
学院于1958年创立后，始终将培养高素质人才作为首要目标，不断探索符合自身特点的发展之路。1958年招收了第一届农田水利专业本科生，共3个班。1962至1963年，在学校领导的支持下，建成了农田水利、水工建筑物、水力学、抽水机和建筑材料实验室，为全面提高教学、科研、生产实践能力打下了良好的物质基础。1980年，学校迁回北京后，又将上述实验室进行了全面修复和完善。
为贯彻、落实党的“教育与生产劳动相结合”方针，63、64届毕业班同学结合房山、涿州灌区工程实际进行了毕业设计，师生得到全面锻炼，收到了预期成效。65届毕业班沿袭了这一传统，又在北京市通县永乐店农场进行毕业设计，为解决低洼盐碱地的改良和农田基本建设作出了应有的贡献，受到区县和基层单位的好评。
1965年至1966年期间，受北京市市委和市政府指派，广大教师、干部率66、67届同学深入顺义县、密云县的公社、生产大队进行农田基本建设和水利规划工作，并在现场教学，经大半年的实践锻炼，全面提高了广大师生的政治思想水平和业务能力，并顺利完成了规划任务，受到北京市相关部门的赞许与标准。
1971年至1972年，学校迁入四川重庆后，该院（系）相关专业教师又分赴四川省忠县、万县、成都、映秀和云南省昆明、大理等地进行了考察，探索教学改革思路，并筹备招生工作。1975年，学校迁入河北省邢台市，该院（系）结合当地生产实际，继续开展人才培养模式探索，并于1976年恢复招生。1978年招收恢复高考后的第一届农田水利专业本科生。
1979年，学院迁回北京办学，广大教师的办学积极性大大提高，并于当年创办我国第一个农业建筑与环境工程本科专业，开办水力机械本科专业。进入八十年代后，学院办学质量稳步提高，科研工作逐步深入，在农田水利、水力机械、农业建筑环境和农村能源等方面，学院教师深入到国民经济主战场，特别是水机教研室所开展的微型泵产品，在国内产生重要影响，为我国改革开放初期的农业发展做出了贡献。1988年，为了满足国家对建筑领域人才的重要需求，该院开办了工业与民用建筑本科专业，从此开始了土木工程领域的人才培养和科学研究工作。
进入1990年后，该院在农业生物环境领域的影响不断扩大，研制的湿帘风机降温系统得到广泛应用，为国内设施农业领域的发展与状大作出了重要贡献。农业部在该院批准建立了农业部农业生物环境工程重点开放实验室。同时，该院为国家水利发展献计献策，特别是针对北京市水利发展战略提出的若干有影响的方法和技术，被北京水利局采纳，该院在北京市、乃至全国水利系统的影响逐渐扩大。在这个时期，学院建立了富通环境工程公司和先飞农业工程公司两个开发实体，以促进科研成果向生产力的转化。
2000年，针对国家水利水电快速发展的形势，开办了水利水电工程专业。从而，建立起了比较完善的本科人才培养格局。同时，学院在以农业节水为核心的农田水利领域，不断开展深入的科研工作，产生了一批节水灌溉新成果。
2002年，学院科研实验大楼建成，楼内设有农业水土工程、农业生物环境工程、农村能源工程、土木工程、水力机械等领域的实验室。在校外，先后建立了北京通州灌溉试验站、河北望都教学科研基地、内蒙古巴彦淖尔市产学研基地、甘肃石洋河流域农业与生态节水试验站等教学科研基地，在北京延庆等地建立了五个学生实习基地。流体力学实验室和土木工程基础实验室被北京市教委评为北京市高校合格实验室。
最近几年，学院将工作重点转入以学科建设为主，所承担的国家级科研项目不断增多，专利、论文等科研成果不断增加，研究生培养规模和质量不断提高。经过两次研究生学科申报，该院研究生学科数量增加，培养体系更加完善，结构更加合理。农业生物环境与能源工程学科和农业水土工程学科成为国家重点学科，水文学及水资源学科成为北京市重点学科。经教育部批准，成立了农业节水与水资源教育部工程研究中心。经农业部批准，成立了农业部沼气产品及设备质量监督检验测试中心—华北工作站。经学校批准，中国-以色列国际农业培训中心在行政上并入水院，成立了跨学院的中国农业水问题研究中心。
目前，学院设水利工程系、农业建筑与环境工程系、流体机械与流体工程系、土木工程系等4个系，设农业水利工程、农业建筑环境与能源工程、热能与动力工程、土木工程、水利水电工程等5个本科专业，设农业生物环境与能源工程、农业水土工程、水文学及水资源、水土保持与荒漠化防治、结构工程、流体机械及工程、水利工程、城市规划与设计等8个硕士学位点，设农业生物环境与能源工程、农业水土工程、水文学及水资源、水土保持与荒漠化防治、水动力学与水力机械等5个博士学位点。学院建立了从本科生、硕士生（包括专业学位）、博士生、留学生在内的完整的人才培养体系。
学院创办50年来，为国家培养各类人才6000余名。目前学院在册学生总数为1512人，其中本科生1229人，硕士生195人，博士生和留学生88人。
学院现有教职工93人，其中包括长江学者特聘教授1人、教授23人、副教授41人，70%以上的教师具有博士学位，正副教授占专职教师总数的80％。现有研究生导师（含外聘）85人，其中博士生导师29人。
学院的科研领域涉及农业节水理论与技术、水资源与水环境、水土保持、水泵与水轮机、流体力学、农业生物环境、城镇规划、农村能源工程、土木建筑等，参与了包括长江三峡工程、南水北调工程、国家体育场鸟巢工程在内的多项国家重点工程项目的研究与设计工作。学院共承担了包括973、863、国家自然科学基金在内的科学研究项目数百项，取得的多项成果居国内外领先水平，获得国家及省部级奖励近百项。2007年，科研经费达到2200万元，发表有影响的学术论文200余篇，其中SCI、EI检索论文数量达到100篇，获得国家科技进步奖和省部级奖励5项。
学院与许多国内外知名研究院所、企业和专家建立了良好的合作与交流关系，数十位国内外著名科学家被聘为该院讲座教授或客座教授，多家跨国灌溉公司在学院设有奖学金和奖教金，每年数十次接待国内外知名学者来校进行学术交流，学院半数以上教师曾在国外学习或工作过。
作为211工程和985工程建设的国家重点大学，中国农业大学正向世界一流农业大学的目标迈进；水利与土木工程学院至今已走过50年的光辉历程，正以崭新姿态跨入新的快速发展时期。
