温州医学院体育科学学院成立于2007年7月, 前身为1997年成立的体育部，现在学院下设体育部和运动人体科学系，承担了学校公共体育教学、群体、竞赛、训练和专业教学等工作。多年来，体育部全面贯彻党的体育教育方针和政策，积极推行教学改革，大力开展全民健身活动，在体育教学、竞技和人才培养等方面进行了积极地探索，为培养德、智、体全面发展的高素质人才做出了应有的贡献。
该学院是浙江省唯一招收运动人体科学本科专业的高校，学院拥有设备齐全的运动人体科学实验教学中心，保证了运动人体科学专业的教学和实验需求。专业基础课的教学依托学校雄厚的医学师资力量，专业课教学由运动人体科学专业的高层次人才担任。学校生物实验中心、实验动物中心、机能实验中心及医学遗传重点实验室为运动人体科学专业实验教学提供了良好的保障。
体育科学学院按照学校的要求，利用发展的眼光进行教师的引进与在职进修，近三年该院教师的数量适度增加，教师专业比较齐全，每位教师基本上能够主讲二门专项体育课程。到2008年6月，体育学院共有专职任课教师25人，教授1人，副教授7人，国家级裁判员两名、国家级指导员两名，高级职称占专任教师的比例为32%；其中博士1人，硕士生为4人，在读硕士7人，硕士及以上占20%；加上在读硕士，比例为48%。
学院除了专职教师外，还配备了专职教学辅助人员，教学辅助人员在部门领导的安排指导下，各司其职，积极配合，保证体育教学、课余锻炼和运动队训练工作的开展。体育办公室负责维持教学秩序的正常的教务工作；负责教务处有关教学文件的传达；收集学校有关的文件，收集本部门教学等资料并上报到教务处。教学主任负责体育课程的编排、教学任务的落实、教师的调课和学生体育课程的重修等工作；竞赛处主任负责安排学校的各个运动队的申报、训练工作；体质健康测试中心主任负责全校学生体质健康测试任务及群众体育的管理工作。