1958年9月，浙江医学院从杭州分迁部分员工、设备和图书来到温州，成立“浙江第二医学院”，温州医学院图书馆的前身----“浙江第二医学院图书馆”随之诞生。同年底，学校更名为“温州医学院”，馆名也相应改为“温州医学院图书馆”。
建馆之初，图书馆条件十分简陋。馆藏仅有数千册书刊，馆舍为一间暂借的民居，工作人员只有3名，服务内容只限于简单的书刊借还。
20世纪60年代及70年代前半期，受当时社会政治、经济环境影响，除了建馆后最初几年馆藏有所增加外，馆舍、人员及服务都几无发展。
70年代后期，随着社会政治、经济环境的逐渐改善和学校教育事业的发展，图书馆在各方面有了长足的进步：1979年，图书馆大楼竣工投入使用，长期有书无馆、有馆无舍的状况终于结束；工作人员增至18人；机构和功能上有很大改进和完善，设立了采编、阅览、流通等部门；制订了各种规章制度，全馆的管理和服务工作逐步走上了制度化和正规化。
90年代，图书馆的发展步伐更快：首先是人员队伍不断壮大，而且素质也不断提高；其次，馆舍条件也不断改善，1998年10月，图书馆迁入面积5500平方米的大楼；初步形成了专业特色突出、门类广泛的馆藏体系；图书馆现代化建设也开始起步。
进入21世纪，随着学校的发展，图书馆也步入全面、快速发展的阶段。2003年9月，建筑面积25000平方米的茶山校区新馆舍正式投入使用；一支素质较高、结构合理的专业人员队伍逐步形成；建成了以资源数字化、管理手段自动化(计算机化)和传输网络化为特征的现代化管理体制。
目前，图书馆已成为学校文献信息收藏 、整理、存储和传播的中心，更是教学和科研不可或缺的强有力后盾。
2005年开始，成为浙江省高校文献信息保障体系温州分中心的总牵头单位。
馆舍建筑、馆藏资源建设
现有馆舍面积约28000平方米，其中茶山校区馆约25000 平方米，学院路校区馆近3000平方米。
茶山校区馆为主馆，于2003年建成并投入使用，馆舍处温州医学院中心位置，建筑庄重典雅，是学校的标志性建筑。周围环境优美，馆内布局合理，设施齐全：有借阅大厅，6层书库和包括专业期刊阅览室、综合阅览室、工具书及多媒体阅览室在内的10个阅览室。
学院路校区馆于1998年建成使用，设有借阅大厅、两层书库、综合阅览室和多媒体阅览室等。
两馆共计阅览座位近3000个。
截至2006年底，我馆总藏书量100万余册，订有纸质中外文期刊1200多种，形成以医学专业文献为主体，兼有人文、社会科学及自然科学文献的多种类型、多种载体的综合性馆藏体系。
现有中外文数据库30余个。涉及全文期刊、文摘题录、学位、会议论文、百科全书、电子图书、光盘镜像、视频等多种类型。形成了有自己特色，符合学校教学和科研发展需要的数字资源体系。
机构设置、人员结构
图书馆由分管校领导直接领导，实行馆长负责制。设有办公室及5个业务部门，即技术部、信息部、采编部、流通部、阅览部。
全馆现有工作人员65人，其中大专以上学历52人，高级职称6人。
读者工作、活动概况
随着服务设施日趋完备，我馆向读者提供的服务也更趋于人性化、开放化、现代化、高技术化。
目前提供的服务可分三大块：一是传统的纸质书刊外借、阅览服务；二是联机查询、影音欣赏、上机上网、文献复制等相关性服务；三是更高层次的信息服务，如课题查新、成果鉴定、文献检索、参考咨询、文献传递、馆际互借、代查代检、文检教学等。
为了提高服务水平和服务质量，我馆推出了一系列举措，如 “重点读者重点服务”、建立“馆－院联络员”队伍等，另外还开展“评选最佳读者”、“读书节”、“图书漂流”、“书捐温医，情留百年”等活动。
学术、科研成果
近三年，在国内外相关各级杂志上发表论文共73篇，出版以我馆教师为主编的教材2部，获浙江省自然科学基金、国家教育部、省教育厅、省科技计划项目、温州市“551”人才工程等资助的课题10项，申请国家级发明专利2项；其中4项课题获浙江省科技进步奖、浙江省高校优秀科研成果奖等奖项，3项课题经鉴定，达到国内领先或国际先进水平。
未来展望
根据温州医学院建设与发展的总体目标，十一五期间，建设的总体目标是：把我馆建设成一个研究型、开放式、高度文明的现代化图书馆，力争在文献信息环境、服务水平、人员素质等方面达到国内较先进水平，成为温州乃至整个浙南地区的图书文献信息中心。
