境内外币支付系统由中国人民银行牵头建设，由清算总中心集中运营，由直接参与机构等单一法人集中接入，采用“Y”型信息流结构，由外币清算处理中心负责对支付指令进行接收、清算和转发，由代理结算银行负责对支付指令进行结算。
外币清算处理中心主要功能包括外币支付报文收发,圈存资金和授信额度管理,对外币支付进行逐笔实时清算，对可用额度不足的外币支付进行排队管理，对清算排队业务进行撮合，管理清算窗口，分币种分场次向代理结算银行提交清算结果。
代理结算银行的主要功能包括为参与者开立外币结算账户，提供日间授信，圈存资金和授信额度管理，根据清算结算进行记账处理，日终对账。
代理结算银行由人民银行指定或授权的商业银行担任，资格实行期限管理，3年一届。
表1：首届代理结算银行及承担结算币种一览表
结算银行
结算银行BIC
结算币种
工商银行
ICBKCNBJ
EUR、JPY
中国银行
BKCHCNBJ
USD
建设银行
PCBCCNBJ
HKD
浦发银行
SPDBCNSH
AUD、CAD、CHF、GBP
境内外币支付系统运行按时序划分为营业准备、日间运行、业务截止、清算窗口和日终处理五个阶段。日间运行开始时间为9:00,业务截止时间为17:00。
境内外币支付系统对支付指令逐笔实时全额结算，从发起清算行发出到接收清算行收到通常在一分钟以内。
境内外币支付系统于2008年4月28日投产之后，已经成为境内商业银行间外币支付的主要渠道。