巫君玉同志1929年3月出生于江苏无锡，12岁从师学习中医，17岁行医，19岁与当地同道组织“国医砥柱社”无锡分社，任推行主任，发起同道学术交流; 1951年组织“工农联合诊所”，1952年扩大为“安镇联合诊所”，任所长，并任“安镇区卫生工作者协会”副主任兼秘书，1954年毕业于中央卫生部北京中医进修学校，同年9月由卫生部录用于“卫生部机关卫生处直属第六医院”，正式建立部属综合医院第一批中医科。1956年在《中华医学杂志》上发表了第一篇临床总结《以茵陈蒿汤为主治疗黄疸》; 1958年随院与北京市第六医院合并，随之建立北京市综合医院中第一所中医病房，1962年晋升为中医科副主任。在上述期间，当选为北京市劳动模范、北京市先进工作者。1966年受文革冲击，遣送回乡。1970年平反，并任无锡县东绛人民医院（今无锡市滨湖区东绛人民医院）中医内科、针灸科、骨科负责人，还担任了无锡县中华医学会秘书长。1978年当选为苏州地区卫生先进工作者。1979年调北京第六医院工作，1981年调任北京市鼓楼中医医院院长，开展中医急诊，与北京中医学院附属东直门医院、中国中医研究院广安门医院共同创建中医病历格式。1982年秋被批准为北京第二医学院中医副教授，同年晋升为主任医师。1983年当选为北京市第八届人民代表，同时调任北京市卫生局副局长，分管中医药及中西医结合工作，以两年半时间建立北京市18个区县中医机构，巩固北京联大中医药学院，恢复北京中医学校，使北京市、县、乡各级中医有人才来源，建立北京中西医结合基地，并建立市中医晋升、中医医疗事故评审委员会。1984年11月参予创办光明中医函授大学，曾任副校长。1987年任北京市第七届政协委员，1990年被批准为全国第一批500名老中医之一。
巫君玉同志还曾担任中国中医药学会第二届常务理事、顾问，中国民间中医药研究开发协会第一、二届常务理事、顾问，中国医学基金会第一届理事，中医内科学会第二、三届副主任，中医疑难病学会第一、二、三届主委，北京中医药学会副理事长，北京联合大学中医药学院顾问，以及北京中医药大学客座教授，原光明中医函授大学副校长、北京光明中医学院副董事长、《光明中医杂志》主编。
主要著述：《现代难治病中医诊疗学》（主编）（中医古籍出版社出版），《瓣杏医谈》（北京科技出版社出版），《中医带教录》（人民卫生出版社出版），以及校注的《痢疾明辨》（中医药出版社“明清医学小丛书”内容之一）以及学术论文30余篇等等。