基因漂移，又称基因漂流，基因逃逸
英文名：gene flow
所谓基因漂移，指的是一种生物的目标基因向附近野生近缘种的自发转移，导致附近野生近缘种发生内在的基因变化，具有目标基因的一些优势特征，形成新的物种，以致整个生态环境发生结构性的变化。研究表明，油菜、甘蔗、莴苣、草莓、向日葵、马铃薯以及禾本科作物均有向其近缘野生种的自发基因转移，甚至不同属间的基因漂移也有可能发生。
转基因作物与其近缘野生种间的基因漂移是目前生物学界最为关注的基因漂移事件，问题是当转基因植物发生基因漂移时，会产生一些难以预料的严重后果，如产生超级杂草、超级害虫、危害生物多样性、诱发新病毒、对非靶标有益生物的影响，这就是所谓的“基因污染”问题。例如，抗除草剂基因流入相关杂草后，可能会使该相关杂草具有抗除草剂的特性，进而产生超级杂草。2000 年加拿大就曾经爆发了著名的“超级杂草”事件，由于基因漂流，在加拿大的油菜地里发现了个别油菜植株可以抗一种、两种或三种除草剂，这就是所谓的“超级杂草”事件。对于现在逐步流行的转基因食物，也有人总结出5 大隐患：毒性、过敏反应、营养问题、对抗生素的抵抗作用、对环境的威胁。
当然，对于基因漂移问题，学术界也有不同的看法。有人认为，“超级杂草”只是一个形象化的比喻，并不是一个科学术语，目前并没有证据表明已经有“超级杂草”的存在。上述加拿大油菜地里发现的个别油菜植株固然可以抗数种除草剂，但其抵抗力也是非常有限的，“事实上，这种油菜在喷施另一种除草剂2，4-D 后即被全部杀死”。试验研究表明，一旦转基因稻和非转基因稻及其野生近缘之间的空间距离小于10 米，那么，基因逃逸的效果就会降低到万分之几，而且如果利用高杆作物设立隔离带，就可以有效避免外缘基因逃逸。另外，如果将转基因移植在植物的叶绿体之内也能有效抑制基因逃逸。从生物进化论角度讲，基因漂移并不是从转基因才开始，历来都有，其本身就是生物进化的一种形式。如果没有基因漂移，世界上就不会有那么多种的植物和现在作物栽培作物品种。例如，小麦就是由分别带有A、B、D 基因组的野生种经过漂流合成的。
尽管如此，基因表达调控毕竟是一个复杂现象，有时虽然能够确保转入基因的安全性，但它对其他基因的影响却很难在当时弄清。因为每个基因产物是微量的，检测很困难，而它的影响具有广泛性、潜在性、长期性与严重性。如果忽视了生物进程的安全性，一旦影响生态环境安全的转基因生物释放到环境中去，便可能给人类社会带来无法挽回的损失。
